一间疑似病房的室内，短发少女刚完成身体检查，负责为她检查的疑似医生的女人正在打电话：“是吗，决定让明日香来驾驶啊……嗯，我乘最后一班飞机道松代。后面的事情拜托你了。”
“那个，赤木博士……”短发少女轻声道。
被称为赤木博士的女人回过头。
“能帮我转告二号机驾驶员一些事吗？”短发少女的表情还是古井无波：“拜托您了。”
赤木博士将录音功能打开：“给，丽，可以说了。”
画面一转，名叫明日香的长发少女此刻正在听着留言。
听着手机里长久的沉默，明日香叹了口气。
正当明日香不耐烦地想要关掉手机的时候，丽的声音传来：“谢谢你。”
明日香一愣，这个人偶竟然会说谢谢。
微微一笑：“哼，她是笨蛋吗！我只是想驾驶EVA而已！”
才不是为了让他们两个顺利聚餐呢！
不过，这句话明日香并没有说出来。
“三号机……如果我看上的话，要给我涂成红色的哦。”看着窗外并不明亮的天空，明日香对着负责接送她的葛城美里说道。
学校里，碇真嗣发现好友之一冬二，没有来学校，在另一个好友相田的告知下，才明白是冬治的妹妹出院了。
“真嗣，这真是个好消息呢！”相田推了推眼镜。
碇真嗣深表同意，自己成功保护下来的孩子平安出院，对于他来说是值得高兴的事情。
“今天，凌波请你去吃饭是吧~”调侃着，相田靠近害羞的碇真嗣，乘他不备偷袭着真嗣。
“真是羡慕你啊！”那酸酸的语气，都快要溢出屏幕了。
测试基地，对于EVA三号机的准备工作，正在有条不紊的进行。
上千项工作检查完毕，地面人员开始了撤离。
一间更衣室内，明日香正在着装战斗制服。
“谢就不用了。”就在刚刚，明日香打电话给了葛城美里，想要聊聊，然而看葛城美里却先说了声谢谢。
“帮助愚民是精英的义务啊，况且本来我就不习惯和别人一起吃饭，觉得在旁边陪着他人强作欢颜很累，也不喜欢看着别人很幸福的样子，而且我又可以驾驶EVA了，这也挺好的。本来我就喜欢一个人待着，也没什么亲近的朋友，一开始就没有人能好好地正视我。反正只要成绩优秀，我一个人在NERV也没什么。”
看到这里，大家都明白了，这个女孩说的都是反话。
她很想和自己喜欢的男孩子一起去聚餐，可是在重要任务下，只能选择成全那两个“笨蛋”了。
“但是最近突然觉得和别人在一起也挺好的，虽说那样不太适合我。”
葛城美里苦笑着：“不要那样说嘛。”
葛城美里越发对这个需要这些孩子承担如此沉重责任的世界无奈了。
“明日香很善良啊。”
伸了个懒腰：“美里，你是第一个听我说这种话的人，突然感觉轻松了很多。我以前一直都不知道，和人说心里话还挺轻松的。”
遥望着远处的三号机，美里说道：“这个世界上还有许多你不知道的美好，好好期待吧！”
驾驶舱内，明日香坐在驾驶位上，本来以为一切顺利的测试，却突然出现了变故。
明日香眼前的空间，突然变得黑暗起来，黑暗的中心，是一个红色球体。
不过数秒，明日香就已经被血红色包围起来，出现在一片红色的虚空中。
诡异的笑声传来，似乎有一股力量将明日香推向了深渊。
在外界，本来等待着行动命令而静默的三号机，双眼突然亮了起来。
“插入深度超过100！精神污染浓度也到了危险范围！”葛城美里所在的指挥室内，红色的警戒灯亮了起来。
“驾驶员超过安全深度！”
赤木博士着急道：“快停下，这样驾驶员会失去意识！”
“试验终止，切断链接！”葛城美里担心自己一起生活的下属出现以外，当断则断道。
然而，即使充电栓弹出，三号机仍然拥有着自己的动力，在设施内挣扎着。
“不行，体内出现高能量反应！”操作员报告着。
“难道是……使徒？！”这不合常理的一幕，让葛城美里几乎确定地喊道。
被机械封闭的嘴部，被强行张开，三号机竟然不是诸天以为的纯机械体，而是生物！
一阵明亮的蓝光很快就照耀了周围的一切，异常巨大的爆炸发生了！
小型核爆一样的威力，将耗费巨资建立的临时实验场所毁为一旦。
诸天万界不禁有人思考，花费巨资建立临时实验场所，随后穿着盔甲的巨型生物兵器疑似被什么东西控制，然后整个基地被夷为平地，这是不是有些太巧了？
碇真嗣接到电话，他面前本来即将停下的豪车顿时一个漂移，调转方向快速驶离。
车内看得到碇真嗣的父亲，碇司令也在接着电话，面色难看。
“松代发生爆炸……”
凌波丽在自己居住地方的门口，呆呆地听着来者传达的噩耗，精心炖煮的食材，已经沸腾弥漫出来。
“受灾情况如何？”一间巨大的司令室内，到处都是警报的全息投影，关于现场幸存者救援的确认和命令不断发出。
“事故现场西南方向发现不明移动物体！”一位观察员报告道：“显示为橙色！无法确认是否为使徒……”
匆匆赶到的碇司令则是下令道：“启用一级战斗准备。”
碇司令的副手看着碇司令：“碇……”
“全体人员，启用一级战斗准备！”碇司令的命令很坚决。
哪怕他知道，将要攻击的敌人体内，是自己的下属。
“让还在修复的零号机待命，初号机立刻换上傀儡系统出击！”
夕阳下，军事装备移动着，他们要尽快抵达目标地点，进行阻击。
夕阳下的这一幕，充满了致敬的味道。
山岭间，一台紫绿配色的巨型生物兵器安静地蹲伏在这里。
驾驶舱内，碇真嗣朝着工作人员问道：“那个……明日香和美里小姐怎么样了？”
工作人员安抚道：“我们现在正在全力营救他们，别担心！”
然而，碇真嗣却察觉出了不对劲：“但是，没有其他EVA，美里小姐也不在……我一个人什么也做不了啊……”
碇真嗣非常缺乏自信。
身旁弹出一个窗口：“作战系统没有问题，现在是碇司令直接指挥！”
“爸爸？”碇真嗣对于父亲会直接参与指挥十分惊讶。
很快，敌人的画面就传达过来，转到主屏幕上。
屏幕上，正是被以为在那场核爆一样的事故中损毁的三号机。
只不过，三号机的状态，确实如同丧尸一样，十分渗人。
确认敌人是被使徒侵蚀的三号机，直接朝着机体下达了弹出插入栓的命令。
然而，插入栓处却不知道什么时候被一层蓝色的物质覆盖，被死死地卡在那里无法拔出。
针对这些新的情报，分析结果很快就出来了：“是蓝色！”
碇司令的语气不带一丝私人感情：“从现在起废弃EVA三号机，将其识别为第九使徒。”
驾驶室内，碇真嗣收到了目标接近的指令。
然而当他抬头，在夕阳下看到的，却不是和特摄片里稀奇古怪的怪兽一样的敌人，而是在地面坦克装甲车攻击下，毫不为所动的……EVA机体。
“难道是使徒？这是使徒吗？”碇真嗣有些不敢相信的问道。
碇司令回答说：“没错，那就是目标。”
“目标……这不是……EVA吗……”知道明日香参与了最新的三号机驾驶试验，碇真嗣心里有一个可怕的猜测。
“目标正在接近，你要打倒它！”碇司令命令道。
“说是目标……明日香还在里面啊……”碇真嗣看着越来越近的EVA机体，喃喃着：“明日香她……”