刘裕回到建康，暗潮浮动的京城立时变得安稳下来。
正月，刘裕马不停蹄地前往京口检阅新军，然后前往彭城、寿春等地视察；然后前往三吴之地鼓励农耕，至船场查看舰只营造，从门阀手中要到一批战舰；接连六十余天都奔波于路上。
三月九日，刘裕回到建康，准备再率兵马前往江陵与杨安玄交战，不料积劳成疾，卧病不起。
此次刘裕病得不轻，吕太医诊脉之后面露难色，萧太后问疾之后，让刘裕召长沙王刘道怜、录尚书事司空徐羡之、新任尚书左仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济等人入宫，照顾医药。
谢晦向天子刘裕建议向神灵祈祷，刘裕拒绝，仅让侍中谢方明到祖庙焚香祭告；病情稍微减轻，刘裕便在病榻之上处理朝政。
三月十七日，刘裕出现在东堂，接受群臣朝贺，大赦天下。
三月十九日，徐州别驾、宁朔将军刘式之急报，刁逵之子刁弥聚数百众作乱，焚毁停泊在京口水寨中的船舰八十余艘，往广陵方向逃窜。
当年刘裕灭刁家，刁弥恰巧在外，躲过一劫，躲在江淮之地不敢露面。刘裕与杨安玄争雄，处于下风，回转京城后染疾的消息传出，人心浮动、流言四起。
刁弥得到消息，认为刘裕命不久矣，正好趁此时报灭门之仇，于是网罗了百余名部曲潜至京口。
本打算学当年刘裕京口起义那般先夺取刺史府，砍下刘道怜的人头，然后关闭城门以奉天子司马德文旨意讨伐刘裕征召兵马，能战则战，不能战则从海路逃往北青州，到了洛阳总能得个一官半爵。
设想得很完美，真到了京口发现徐州刺史府戒备森严，自己所率的百余人估计连府门都杀不进去。
而且刘裕病重，召徐州刺史刘道怜入宫侍疾，京口由别驾刘式之理政，京口南还有万余招募的新兵，贸然发动恐怕是肉包子打狗。
刁弥见无机可乘，准备乘船过江，见宋军水寨纷乱不堪，船舰出入无序，于是趁夜放火，不想点着了半边天。
刘裕怒不可遏，好不容易从三吴之地征得二百艘战舰，还未出征便损近半，真是大触霉头。
刘式之是刘穆之次子，看在刘穆之的情面上刘裕没有严惩刘式之，只是下诏严斥，命其与驻守广陵的司州刺史范元之合力抓捕刁弥。
刁弥不过是疥癣之疾，刘裕本没有太放在心上，以为三五日便能剿灭，哪料刁弥流窜于江河之上，召聚亡命之徒，抢掠商贾劫取财物，半月之间居然聚兵超过千数，范元之、刘式之疲于奔命，不能剿灭。
刘裕大怒，任命檀道济为镇北将军、南兖州刺史，坐镇广陵，督淮南诸军；司州刺史范元之前往合肥驻守。
檀道济到任之后，于江河交汇之处立戍楼水寨，分兵驻守，焚毁叛军船舰。很快，刁弥被斩，叛众被平灭。
正当刘裕准备再度出征之际，宜都王刘义隆奏报，汉寿伯、辅国将军沈林子病重。
刘裕揽奏伤怀，沈家五子中老大沈渊子与长女婿徐逵之殁于征司马休之之战，老三沈田子丧于沈庆之之手，他最为看重沈林子，不料他也病重。
联想起虞丘进、刘钟、向弥等人，刘裕老泪纵横，悲不自胜。徐羡之等人忙上前劝解，刘裕下旨命沈林子到江陵城中好生养病，太医院派遣良医前往江陵为沈林子医治，每日将沈林子病况随战报一同送来。
是夜，刘裕再度卧床不起，病情沉重。这次吕太医束手无策，刘裕自知难逃一劫。
这日精神尚可，刘裕命人叫太子刘义符前来觐见。足足等了半个多时辰，刘义符才匆匆赶至。
刘裕染疾，徐羡之等重臣住进宫中侍疾，刘义符无人管束，将龙舟移至天渊池（天泉池，今鸡鸣山南古台城内），白天玩乐、晚间便宿在龙舟之上。
在他看来，父皇虽然生病，过些时日便会像以前那样好转，父皇英明神武，白手起家拥有天下，他只要在父皇身后享受荣华富贵就好了。
刘裕召他之时刘义符尚在天渊池玩耍，骑马匆匆赶来一路上想好了应对之语，入西堂拜见，抬头看到刘裕白发苍苍，面容枯槁，与印象中红光满面、精神矍铄的父皇迥异。
刘义符并不是傻瓜，看到刘裕这副形容亦感不妙，父子连心，趴在锦榻上抱着刘裕放声痛哭。
刘裕其实知道刘义符在外玩乐，本想痛斥他一番，见儿子如此悲切，心中一软。抚着刘义符的头顶，刘裕叹道：“车兵，人终有一死，不必太过悲伤。”
“父皇，你不会死，孩儿不让你死。”
听着刘义符满是孩子气的话，刘裕既是欣慰又是无奈，车兵还是个孩子，江山社稷交于他的手中朕着实不放心。
安抚了刘义符几句，刘裕喘息道：“车兵，你且坐好，父皇有话交待你，这几日你不要走动，就在侧殿住下。”
接下来几天，刘裕断断续续交待刘义符如何为君、如何理政，亲贤臣、远小人、重百姓；孝敬长辈、和睦兄弟、选用寒门贤才；节俭戒奢、轻徭薄役、与民生息，积蓄力量与杨安玄一战等等等等。
起初刘义符还认真听教，过了两日便左耳进右耳出了，心中嘀咕父皇为我选好了顾命大臣，朝政交给他们打理便是，我自无为而治，何必为难自己。
“檀道济颇有干略，但无远志，不比其兄檀韶难御，将来可用之抵御外敌；徐羡之深沉慎默、精于政务，可用之打理朝政；傅亮博涉经史、善于文辞，可命其掌管诏命；至于谢晦”，刘裕闭上眼喘息了几口，道：“谢晦出身门阀，才略明练，随朕征伐颇识机变，此人才高德薄，将来若生变，必是此人。”
刘义符问道：“父皇为何不让叔父辅政？”
刘道怜，刘裕苦笑地摇摇头，道：“你叔父并无才能，贪纵敛财，若让他辅政恐怕国库都会被其搬空。可惜道规天不假年，否则朕何惧小儿杨安玄。”
其实刘裕不让刘道怜辅政，除了刘道怜无才外还隐隐担心刘道怜势大反而夺了自家天下，司马氏一朝这样的事屡见不鲜，刘道规如果真的还在，刘裕免不了要交待刘义符暗中提防，毕竟萧太后可是刘道怜的生母，当初为扬州刺史一职还责问过自己。
刘怀慎是其从母弟，为人谨慎质直、屡立战功，刘裕也暗中防着一手，交待刘义符将来若召刘怀慎回京，不可专任之。
除了防着兄弟，刘裕还防着外戚干政，挣扎起身，亲笔书诏：后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。
交待完刘义符，刘裕召徐羡之、谢晦、傅亮、檀道济等四人进觐，宣布了遗命。四人跪地涕零，拜见刘义符。
五月十六日，刘义隆奏报，沈林子病故。此时徐羡之等人已经接手朝政，得到奏报后商议，此事暂不告知刘裕。
永初三年五月二十一日，刘裕龙驭归天，太子刘义符即位登基，大赦天下，治丧。长沙王刘道怜病重，不能亲临丧礼。
六月一日，天子刘义符任尚书左仆射傅亮为中书监、尚书令；领军将军谢晦兼任中书令，侍中谢方向为丹阳尹，下诏称“朕哀荒在疚，政道所先由录尚书事、尚书令率众官决之”。
六月十二日，长沙王刘道怜逝，赠太傅，谥号景；七月五日，宜阳侯、冠军将军檀韶病逝于下邳，赠安南将军、散骑常侍；加二月身逝的前将军向弥、五月病逝的征虏将军沈林子，半年之间刘宋王朝丧君折大将，可谓动荡不安。
刘裕身逝的消息传至洛阳，司马德文大喜，召雍公杨安玄商议灭宋之事。阴友齐、辛何、赵田等文武官员皆认为刘裕一死，刘宋脊梁已断，正可一鼓作气平灭刘宋。
杨安玄熟知历史，知道刘裕一死刘宋很快便会生乱，徐羡之等人不用多久便会废帝，自己平灭刘宋的最佳时期尚未到来。
这话不能明说，杨安玄道：“乘丧伐之不足为美，况且刘裕新死，其势尚存，若兵发江南宋军必上下齐心拒战。听闻其子刘义符耽于游乐，将来宋廷必然生乱，等强臣争权变难起时再命将士南下，可轻取刘宋之地。”
平城，拓跋焘亦在与众臣商讨刘裕之死。
任城公嵇拔道：“雍军势大，结宋抗雍势在必行。臣以为当派人吊祭，重缔盟好，亦能布义声于天下。”
拓跋焘深以为然，派嵇拔为使前往建康吊丧。
山阳公奚斤分析，雍军很可能会趁刘裕新丧之机伐宋，这样雍军全力南攻则北方力薄，或有可趁之机。
高阳公安同则认为，雍军在司、兖以及河东之地有十万雄军，不可轻启战事，与其与雍军硬碰不如借重宋军消耗雍军力量，己军则全力夺取（北）燕国、远逐柔然，壮大实力。
朝堂争论不休，拓跋焘倾向于主战，但他亦担心出战不利反而造成民心不安，白马公崔浩建议请国师寇谦之前来一卜吉凶。
寇谦之立坛做法，命人禀报太子拓跋焘，“此战必胜，殿下上应天命，当以兵定九州，成为一代明君”。
拓跋焘大喜，决定亲率三万轻骑北征。