在“曙光号”秘密武器的助力下，联盟舰队成功扭转战局，展开了摧枯拉朽的反攻。神秘组织的防线被撕开一道道大口子，战舰残骸在宇宙中四散漂浮，宛如末世残骸。
但神秘组织毕竟底蕴深厚，见势不妙，迅速收缩兵力，围绕巨型母舰重新构建防御体系。母舰释放出更强大的干扰波，不仅影响联盟舰队的通讯，还使得能量护盾频率干扰器的效果大打折扣。联盟舰队的攻势受阻，不得不暂时退回重整阵型。
指挥官们在混乱的通讯频道中声嘶力竭地呼喊，协调各战舰行动。“所有舰艇保持间距，开启备用通讯线路，集中火力攻击母舰的干扰源发射装置！”旗舰上的指挥官紧握着指挥杆，目光如炬。
战士们迅速执行命令，一艘艘战舰调整炮口，朝着巨型母舰上闪烁着诡异蓝光的干扰源开火。然而，敌人的防御火力太过密集，联盟舰队的攻击一次次被抵挡回来，自身却不断遭受炮火侵袭，又有几艘战舰护盾破碎，失去动力漂浮在战场上。
此时，联盟的情报特工们发挥了关键作用。他们在战前就秘密潜入幽影星，蛰伏许久，此刻趁乱而动。特工队长雷克率领小队，突破重重险阻，成功潜入神秘组织位于幽影星地表的指挥中心。他们避开巡逻的机械卫兵，悄无声息地在关键系统中植入病毒。
随着病毒的生效，巨型母舰的干扰波出现了间歇性失灵，联盟舰队抓住这稍纵即逝的战机。科研团队紧急优化能量护盾频率干扰器的参数，使其适应干扰波的变化，再次发挥强大功效。同时，舰队中的突击巡洋舰利用速度优势，迅速突进到敌人核心区域，释放出新型的电磁脉冲导弹。
电磁脉冲导弹爆炸后，产生的强大电磁风暴瞬间瘫痪了神秘组织战舰群的电子系统。战舰上的灯光熄灭，武器系统失效，陷入一片混乱。联盟舰队趁势而上，如饿狼扑食般冲向敌人。粒子聚能炮疯狂扫射，将一艘艘失去抵抗能力的敌舰轰成碎片。
神秘组织不甘失败，启动了最后的保命手段。他们在幽影星的极地地区隐藏着一座秘密武器基地，此刻，基地内的一门超级暗物质炮充能完毕，炮口缓缓抬起，瞄准了联盟舰队的主力方向。这门超级暗物质炮威力巨大，一旦发射，足以摧毁大片联盟战舰，扭转战局。
幸运的是，潜伏在幽影星的特工们发现了这一危机。雷克小队拼死抢夺武器基地的控制权，与敌人展开激烈的近身搏斗。在关键时刻，雷克与一名敌方高手在暗物质炮的控制台前展开殊死较量。他身负重伤，却凭借顽强的意志，在队友的协助下，成功破坏了暗物质炮的发射装置。
联盟舰队并不知道背后发生的这一惊险一幕，仍在前线奋勇杀敌。随着神秘组织的抵抗越来越弱，胜利的天平彻底向联盟倾斜。一艘艘敌舰在联盟的攻击下灰飞烟灭，残余的敌人开始四散逃窜。联盟战士们在欢呼声中继续清扫战场，他们深知，这场胜利来之不易，是无数战友用生命换来的。当最后一艘敌舰被摧毁，联盟舰队在幽影星外集结，战舰上的旗帜飘扬，象征着他们战胜了黑暗，守护了联盟的光明未来。