因为此次事件的遭遇，使得柯南感觉十分的无奈，不仅没成功获取到更多的跟组织相关的信息不说，就连组织要板仓卓开发的那个软件，自己都没时间检查就已经真的落到组织手里了——
那到底是个什么程序？
因为存有软件的光盘也设置了密码，在那么短的时间内自己根本打不开、查看不了内容，所以火急火燎的，在刚才那种情况下，自己只能出此下策。
只可惜，突然出现的琴酒打乱了自己一切的计划。
因此，组织想要找全世界的天才程序设计师最终到底目的是什么，至此随着板仓卓的死亡、实际存有程序的光盘被拿走，柯南知道自己恐怕很难再弄清楚了，除非再一次遇到组织这方面的行动……
不过，当柯南跟着阿笠博士离开车站，看着已经亮起的天色，知道组织已经撤离之后，回顾起所发生的整件事，忽然柯南就想起了当时、自己躲在柜子里的时候，琴酒对伏特加说的那句话——
“‘雪莉’那个叛徒一直在针对组织，不知道盗走了我们多少秘密？”
毫无疑问，“雪莉”就是灰原，但是……
根据琴酒的话来推测，已经逃离了组织的灰原其实一直在针对组织的行动，并且还成功盗走了组织的一些秘密……
这……
想到这，柯南神色不禁凝重了起来，回想着自从灰原出现在自己身边之后，所遇到的种种事情，好像也没有什么不对劲的事情啊，怎么琴酒会说，已经叛逃了的“雪莉”其实一直还在针对组织呢？
明明，“SoNoKo”酒店那次，还有皮斯科那次，两次灰原遇到组织的人，都害怕成那个样子了……
难道说，针对组织的、是另有其人？而组织没有查出对方的真实身份，反而认定对方是叛逃出组织的“雪莉”……
还是说……
明智先生跟灰原，他们真的在自己不知道的情况下，跟组织已经暗中交锋了好几次、甚至让组织都束手无策嘛？
毕竟，要是琴酒说的是真的，那么现在还能表现的平静无事的明智先生跟灰原，可就真的耐人寻味了。
虽然自己已经猜到在组织相关的事情上，明智先生跟灰原他们对自己是有所隐瞒的，但是如果隐瞒的程度都到了这种地步的话……
想到这，柯南的神色不禁凝重，开始感觉到这样下去不行，但自己也不可能直白的质问明智先生跟灰原他们，毕竟在这次的事上，是自己首先瞒着他们的。
而且，自己也早就在住院的时候想明白了，要是他们有意瞒着自己关于组织的信息，自己也确实无可奈何。
因此，自己想到的应对方式，就是之后尽可能的，在面对组织时，以自己的方式来处理，而不是依靠明智先生跟灰原他们。
对此，虽然眼下这遇到的这起事件，结果完全不尽如人意，但正要论起来的话，似乎也不是完全没有收获——
至少，跟板仓卓交易的、那个女人，到底……
想到这，柯南的眼神中全然没有了因为计划的失败而失落的情绪，反而此刻当自己彻底不依靠明智先生跟灰原应对组织的事情后，似乎自己的思路也逐渐开阔了起来——
所以，自己的想法并非完全错误，但是面对组织，还是一点都不能托大……
下一次……
要是有下一次的话，自己要更加深思熟虑才行啊。
如此，随着此次行动的结束，柯南跟阿笠博士自然也就没有继续待在这处还在修建中的车站的必要，趁着天色蒙蒙亮，路上还没有太过路过的行人的时候，柯南跟阿笠博士便驾车回到了阿笠博士的住处。
此时，因为一晚上的奔波，全程都没有休息的阿笠博士跟柯南两人，便在阿笠博士的住处小睡了一会，直到上午、阿笠博士跟柯南被一通电话吵醒，柯南这才想起今天上学已经迟到了——
至于打来的这通电话，是因为柯南没有请假的缘故，柯南班上的班主任小林老师便打给了小兰询问情况，然后小兰因为昨晚柯南留下的字条，这才打电话到了阿笠博士这边。
如此，柯南跟阿笠博士面对小兰的询问、为什么今天没有及时去上学的理由，柯南他们自然没法照实的跟小兰解释，于是最终无奈之下，柯南只能以昨晚玩游戏玩的太晚为由，搪塞了小兰一下。
由此，在电话里，柯南遭到了小兰的一通责问之后，小兰则是略显生气的表示：
“我帮你跟小林老师上午请假了，既然没休息好就好好休息！玩游戏玩到觉都不睡像什么样子啊！”
这样，面对小兰这样苦口婆心的话，柯南在电话里也只能连连称是，并且阿笠博士也在旁附和着小兰，跟小兰保证这种事情之后不会发生的，于是小兰这才挂断了电话。
至此，无奈的阿笠博士跟柯南，对于这样的状况也只能感到心累，不过既然小兰已经帮柯南上午请了假，本就困得不行的柯南，便也索性上午继续休息了。
只是，在另一边，挂断电话后的小兰，因为得知了柯南居然昨晚没有休息好的情况后，原本在讲电话时一脸责问的神情，此刻却变得有些担忧了起来——
似乎，小兰是在担心昨晚柯南一晚没睡的真正原因。
同时，这会的小兰又想起了昨晚目暮警官叫走了自己的父亲、毛利小五郎这件事——
当时，自己以为目暮警官单独找自己的父亲是因为案件的事情，但是没想到，真正的原因、居然是……
……
“哎？叔叔协办的案件卷宗……全部不见了？”
晚上，当柯南放学回家之后，在晚饭的饭桌上，小兰略显担忧的提及了昨晚目暮警官找自己父亲的原因，而听到这件事的柯南，则也是一脸惊讶的问道——
原来，昨晚目暮警官专门留下毛利小五郎详谈，具体的目的并非是因为当时板仓卓的那起事件，而是因为在警视厅中，所有毛利小五郎曾参与协办过的案件卷宗，居然都不见了！
如此，在警方发现了这件事后，警视厅内顿时对于此事也是感到了一片哗然，因此自然要找其中的关键人物毛利小五郎询问一下意见。
只是，对于这种事，毛利小五郎本人则是表现的很茫然，但也没怎么上心。
在从警视厅回家后，毛利小五郎随口提了下这件事后就去休息了，但却反倒让小兰十分在意——
故此，在今晚的晚餐时间，放学后的小兰再次跟毛利小五郎问了一下这件事，结果便也让柯南听到了……