总部内警报声大作，神秘身影在阴影中穿梭，气氛瞬间紧张到了极点。大雄、哆啦A梦、胖虎、静香和其他驾驶员们迅速行动起来，朝着神秘身影出现的方向赶去。
“大家小心，不知道这些家伙是什么来头。”哆啦A梦一边跑一边提醒道。
“哼，不管是什么，敢来这里捣乱，就把他们打跑！”胖虎挥舞着拳头说道。
当他们赶到时，只见那些神秘身影身形矫健，行动敏捷，全身笼罩在黑色的斗篷里，看不清面容。他们在总部的资料室附近徘徊，似乎在寻找着特定的东西。
“你们是什么人？”大雄大声问道。
神秘身影并没有回应，其中一个突然朝着大雄他们冲了过来，速度之快让人惊讶。
“小心！”静香喊道。
众人立刻做好战斗准备，操控着EVA机体与神秘身影对峙。神秘身影手中亮出一把散发着奇异光芒的武器，朝着大雄的EVA机体砍来。大雄急忙躲避，同时用机体的武器进行反击。
“这些家伙不好对付啊！”大雄通过通讯器说道。
“大家注意他们的攻击方式，好像很有章法。”渚薰冷静地观察着。
在战斗中，他们发现这些神秘身影虽然个体战斗力不如使徒，但配合默契，而且似乎对总部的环境有所了解，总是能巧妙地避开防御系统的攻击。
“我们得把他们包围起来，不能让他们乱跑。”真嗣指挥道。
于是，驾驶员们分成几个小组，试图从不同方向包围神秘身影。然而，神秘身影似乎察觉到了他们的意图，其中几个突然释放出一阵烟雾，趁着烟雾弥漫，他们开始分散逃窜。
“别让他们跑了！”胖虎喊道。
大家急忙追去，在追逐过程中，哆啦A梦发现其中一个神秘身影朝着之前发现加密文件的研究室跑去。
“他们的目标可能是那些文件！”哆啦A梦说道。
“我们得拦住他们！”大雄加快速度，朝着那个神秘身影追去。
当他们赶到研究室时，神秘身影已经在试图破解文件保存装置的防护系统。
“住手！”大雄喊道，操控EVA机体朝着神秘身影发动攻击。神秘身影转身迎战，在战斗中，神秘身影的斗篷被掀开一角，露出了一只闪着红光的眼睛。
“这……这是什么？”大雄惊讶地说。
就在这时，其他驾驶员也陆续赶到，大家一起合力将这个神秘身影制伏。
“把他带回审讯室，一定要问出他们的目的。”碇司令下令。
在审讯室里，神秘身影依然保持沉默，无论大家怎么询问，都没有得到任何回应。
“看来这些家伙嘴很严啊。”胖虎有些懊恼地说。
“我们得想别的办法，也许从他们的武器或者装备上能找到线索。”哆啦A梦建议道。
科研人员对神秘身影的武器和装备进行了分析，发现这些装备的技术非常先进，而且其中一些材料和使徒的构成物质有相似之处。
“这说明他们和使徒可能有某种联系。”科研人员说道。
就在大家对神秘身影进行调查的时候，城市中又出现了新的异常。多个地点出现了小型的能量漩涡，这些漩涡虽然没有使徒出现时那么强大，但却不断释放出干扰信号，影响了城市的通讯和电力系统。
“这肯定是那些神秘身影搞的鬼，他们是想分散我们的注意力。”静香说道。
“不管他们有什么阴谋，我们不能让城市陷入混乱。”大雄坚定地说。
驾驶员们再次出动，前往各个能量漩涡地点进行调查。当他们到达一个能量漩涡附近时，发现这里的磁场异常强大，EVA机体的行动受到了很大限制。
“大家小心，这里有古怪。”哆啦A梦提醒道。
突然，从能量漩涡中射出几道光线，光线击中了周围的建筑物，建筑物开始出现崩塌的迹象。
“我们得先把能量漩涡稳定住，不然城市会遭受更大的破坏。”真嗣说道。
他们尝试用EVA机体的能量系统来中和能量漩涡的能量，但效果甚微。
“这样不行，我们得找到能量漩涡的核心。”渚薰说道。
经过一番搜索，他们发现能量漩涡的核心是一个小型的装置，这个装置被一层强大的能量护盾保护着。
“我们要打破这个护盾才能破坏核心。”胖虎说道。
“大家一起攻击，集中力量！”大雄喊道。
众人齐心协力，朝着能量护盾发动攻击，在连续的攻击下，护盾开始出现裂痕。
“再加把劲！”静香喊道。
最终，护盾被打破，他们成功摧毁了能量漩涡的核心，周围的干扰信号也随之消失。
“我们成功了！”胖虎高兴地欢呼。
“别高兴得太早，还有其他的能量漩涡呢。”哆啦A梦提醒道。
他们继续前往其他能量漩涡地点，重复着之前的操作。在这个过程中，他们发现这些能量漩涡似乎是按照某种特定的规律分布的，像是在构建一个巨大的能量网络。
“这些能量漩涡可能是一个更大阴谋的一部分，我们得尽快搞清楚。”大雄说道。
当他们解决完所有的能量漩涡后，回到总部，却发现之前被关押的神秘身影已经消失不见，只留下了一些奇怪的符号在审讯室的墙壁上。
“这是怎么回事？他们怎么逃走的？”胖虎气愤地说。
“这些符号是什么意思？”静香看着墙壁上的符号问道。
哆啦A梦仔细观察着符号，然后从四次元口袋里拿出一个符号解读器。经过分析，解读器显示这些符号是一种古老的密码，和之前加密文件中的部分内容相似。
“看来这些神秘身影是想给我们传递某种信息，或者是在嘲笑我们。”哆啦A梦说道。
“不管是哪种情况，我们不能被他们牵着鼻子走，我们要加快破解加密文件的进度，找出他们背后的秘密。”大雄坚定地说。
在大家努力破解加密文件的同时，大雄又一次尝试和EVA机体进行深度融合，希望能从之前看到的模糊画面中找到更多线索。在融合过程中，那些画面变得更加清晰，他看到了那个巨大实验室里有一些穿着白大褂的人在操作着仪器，还有一些巨大的容器，容器里似乎装着和使徒类似的生物。
融合结束后，大雄立刻把他看到的情况告诉了大家。
“这听起来像是一个实验基地，难道使徒是从那里制造出来的？”胖虎惊讶地说。
“有这种可能，而且那些神秘身影可能也和这个实验基地有关。”哆啦A梦说道。
“我们得找到这个实验室的位置，也许那里有我们想要的答案。”静香说道。
他们把这个新发现告诉了碇司令，碇司令决定派出侦查小队，利用大雄提供的画面信息在城市周边进行搜索。
在搜索过程中，他们发现了一些废弃的地下通道，这些通道的结构和大雄看到的实验室周围环境有些相似。
“这里可能有线索，我们进去看看。”侦查小队队长说道。
他们小心翼翼地沿着地下通道前进，通道里弥漫着一股神秘的气息，墙壁上有一些奇怪的标记，和之前神秘身影留下的符号有几分相似。
“大家小心，这里可能有危险。”队长提醒道。
突然，前方传来一阵低沉的咆哮声，仿佛有什么巨大的生物在靠近。
“准备战斗！”队长喊道。
众人紧张地注视着前方，只见一个巨大的、外形像狼但又有着金属外壳的怪物出现在他们眼前。怪物的眼睛闪烁着绿色的光芒，口中露出锋利的獠牙。
“这是什么东西？”一名队员惊恐地说。
“不管是什么，先攻击！”队长下令。
他们朝着怪物发动攻击，但怪物的速度极快，轻松地避开了他们的攻击，并且朝着他们扑了过来。
“啊！”一名队员被怪物击中，倒在了地上。
“快救他！”队长喊道。
就在这时，大雄他们驾驶着EVA机体赶到了。
“大家别怕，我们来了！”大雄喊道，操控EVA机体朝着怪物冲去。
怪物看到EVA机体，并没有退缩，反而更加凶猛，它朝着大雄的EVA机体扑了上来，用锋利的爪子进行攻击。
“这家伙好强！”大雄一边躲避一边说道。
“我们一起上，围攻它！”哆啦A梦说道。
于是，驾驶员们一起围攻怪物，在战斗中，他们发现怪物的金属外壳非常坚硬，普通的攻击很难对它造成伤害。
“攻击它的眼睛，那里可能是弱点！”渚薰喊道。
大家调整攻击方向，朝着怪物的眼睛发动攻击。怪物吃痛，发出一阵愤怒的咆哮，但它的攻击也变得更加疯狂。
“它发狂了，大家小心！”静香喊道。
在激烈的战斗中，胖虎找到了一个破绽，他操控EVA机体朝着怪物的腹部狠狠地刺了一刀。怪物受到重创，行动开始变得迟缓。
“好机会，继续攻击！”大雄喊道。
众人抓住机会，集中火力攻击怪物，最终，怪物在一阵猛烈的攻击下倒下了。
“大家没事吧？”大雄问道。
“我们没事，不过这怪物到底是什么？”侦查小队队长问道。
“不清楚，但肯定和我们正在调查的事情有关。”哆啦A梦说道。
他们继续沿着地下通道前进，希望能找到那个神秘实验室的入口，而在通道的深处，似乎有一股更加强大的力量在等待着他们，这股力量将把他们带入一个更加惊人的真相之中。