天宇和小智在彼此的神奇宝贝完成进化后便停止了训练，刚好这时候小刚也做好了午餐。
就在一行人准备吃午餐的时候，火箭队又出现了，见到天宇一行人，忍不住说起了台词。
“既然你诚心诚意地发问了。”
“我们就大发慈悲地告诉你。”
。。。
“就是这样，喵。”“索南斯！”
见火箭队三人组来了，天宇一行人可没什么好脸色，只不过他们身后又出现了一大群生气的斗笠菇。火箭队三人组见到斗笠菇后，纷纷面露惧色。天宇看他们的表情就知道，又是他们惹的祸。
“火箭队，这次你们又干什么好事了？”
“我们也没干什么，就是肚子饿了，吃了他们的苹果而已。”
但就是这件事惹怒了斗笠菇们，只见他们一个个同时使出音速拳，向众人打来。天宇见状，赶忙让所有会使用守住的神奇宝贝同时出手防御，当然天宇没有帮火箭队三人阻挡，毕竟是他们捅出来的篓子。
“好讨厌的感觉！”“索南斯！”
等火箭队三人组被击飞了，天宇赶忙向斗笠菇们解释清楚，他们和火箭队不是一伙的。在常磐之力的作用下，斗笠菇们慢慢冷静下来，确认天宇一行人和火箭队没有关系后便离开了。
虚惊一场后，众人继续吃着午餐，休息一会后继续踏上旅程。
在路上走着走着，小智突然感叹一句，今天天气真好。
就在这时，天空中突然下起了大雨，一行人赶忙加速往前跑。好不自然找到一棵大树准备暂时避雨，天空突然打雷，刚好命中那棵树，紧接着天空突然又下起大雪，刮起大风，反复变幻无常。
“这天气是见鬼了吗！”
天宇被这莫名其妙的天气逼的快要冻感冒了，这时候一只漂浮泡泡缓缓飘来，天宇基本上可以断定，这天气变幻无常绝对是这小家伙搞得。
精灵：漂浮泡泡
属性：一般
招式：大晴天、求雨。。。
等级：23
特性：阴晴不定
资质：准道馆
“漂浮泡泡，能不能拜托你放一个大晴天，我们已经快要冻得受不了了。”
漂浮泡泡从天宇身上感受到常磐之力带来的善意，因此答应了天宇的请求，放出大晴天后，天气恢复正常，众人也缓了过来。这时候跑来一男一女两个研究员，漂浮泡泡是男子的神奇宝贝，女子肩膀上有一只百变怪。
精灵：百变怪
属性：一般
招式：变身
等级：56
特性：柔软
资质：准天王
“你们还好吧？”
男子紧张的上前询问天宇等人的身体状况，好在天宇等人的身体素质还算不错，都没什么大碍，男子才松了口气。接着女子也上前向众人道歉，原来天气变幻莫测不是漂浮泡泡做的，而是他们所在的天气研究所进行的实验。
天宇一行人听后都很震惊，没想到他们的实验室已经研究出可以改变天气的发明了。小刚注意到那个女性研究员的超高颜值，刚要上前搭讪，可当他靠近的时候，又没有这种感觉了。
众人都感觉到不可思议，这还是小刚第一次对异性没有反应，就连小刚本人都搞不清楚为什么会这样。
但天宇瞬间意识到问题所在，这个女性研究员肯定不是女的。同时后续的剧情天宇也想起来了，这个人其实是火岩队成员，被称为千面怪盗的班纳伊。
想到这里，天宇对这个人留了个心眼，之后找机会要控制住对方。
“对了，我们还没自我介绍，我是研究所的所长巴鲁，这位是研究员米莉。”
眼看气氛有些不对，巴鲁先一步将其打破，之后天宇等人也纷纷做起自我介绍。之后巴鲁为了向众人表示抱歉，邀请众人来到天气研究所做客，众人便跟着巴鲁和米莉来到天气研究所。
很快，众人来到一栋淡蓝色的建筑房，上面还竖立着一根巨大的天线。经过巴鲁和米莉的介绍，天宇一行人得知这根巨大的天线就是天气控制机，天气研究所就是通过它改变天气。
“哇塞，好厉害哦！”
小遥被这强大的科技所震撼，之后巴鲁因为有工作要处理，让米莉帮忙继续给众人介绍天气研究所。米莉点了点头，之后巴鲁便放心离开了。
“我们这里能够接收来自世界各地的资料，其中也有被称为天地灾变的资料。”
米莉带着众人一边参观天气研究所，一边为众人介绍天气研究所的主要研究。其他的话天宇没在意，关键就是这一句，这其中代表的便是固拉多和盖欧卡，也是火岩队和水舰队的目标。
这时候外面传来直升机的声音，天宇首先注意到这一情况，同时暗中叫住小智。
“小智，外面好像有人来了，我出去看看。你留下来注意一下那个叫做米莉的研究员，我感觉她有问题。”
天宇说完之后，也不顾小智错愕的目光直接离开了。小智虽然有些不解，但出于对天宇的信任，他又将目光放到这个叫米莉的人身上。
在天气研究所外围，水舰队领队泉美带着大批水舰队成员将巴鲁所长为首的一批研究员全部控制住，在这其中还包括火箭队三人组，在水舰队身旁还有大批铁螯龙虾。
“电击魔兽，使用十万伏特，暴鲤龙，使用破坏死光。”
在水舰队未察觉之际，天宇直接让电击魔兽和暴鲤龙暗中偷袭，其中大部分铁螯龙虾都因此失去战斗能力。这时候天宇才从暗中走出，身旁还带着电击魔兽和暴鲤龙。
“你是什么人？”
“抓你们的人。”
面对水舰队，天宇没有多言，直接动手更符合他的心意。
“可恶，别小看我！”
泉美也不是吃素的，再次丢出两颗神奇宝贝球，分别是65级的帝牙海狮和65级的利牙鱼。属性和等级上天宇占据优势，这边的战斗也就开始了。火箭队三人组见状，赶忙逃离这里。
另一边巴鲁趁着天宇对抗水舰队的时候，将可以查询到超古代的资料通行卡通过漂浮泡泡交给米莉。天宇要是知道巴鲁的行为，绝对会被气死。他紧赶慢赶就是为了避免通行卡落到米莉手上，没想到最后还是落到他手里了。
此时天宇还不知道巴鲁干了什么，但现在他已经没工夫考虑这些了。水舰队试图用人数压制住天宇，好在其他水舰队成员的神奇宝贝不算太强，天宇派出巨沼怪他们应付就足够了。要是再不行，天宇就打算让喷火龙出手了。
好在战斗的整体情况算是势均力敌，就在这时，研究所内部发生巨大爆炸，千面怪盗班纳伊狼狈不堪的驾驶着飞行器逃离这里。紧接着小智等人也出来参与战斗，泉美顿时感觉不妙，保险起见，迅速安排成员逃离。
眼看水舰队要跑，天宇并没有继续追捕的打算，毕竟就算抓住他们也改不了了水舰队的计划，到时候改变剧情，天宇反而不好判断他们下一步的行动。