天启元年10月30日，大朝会。
朱由校抛出一份经过与内阁周密商讨的行政改革方案，行政改革方案一经通报，立即引起朝堂震动。
大明全面废除地方三司制度，实行省、市、县、镇、村5级行政管理制度。府级城市更改为市，县级城市依然为县，州的称谓全面取消，根据级别更改为市或县。各地的自治政策、羁縻政策全面取消，由朝廷进行直接统治管理。
全国行政区划为北京市、天津市、上海市、香江市、辽东省、河北省、河南省、山东省、山西省、陕西省、甘宁省、云南省、贵州省、四川省、湖北省、湖南省、江西省、江苏省、安徽省、浙江省、福建省、广东省、广西省、海南省、台湾省，4个直辖市21个省。
北直隶行政区划调整为北京市、天津市、河北省三个省级行政单位。
顺天府更名为北京市，北京市下辖原顺天府的大部分区域。北京市为中央直辖市，级别为省级行政单位。
北直隶永平府以及河间府的静海县、顺天府的东安县、蓟州、霸州、通州的武清县、香河县的宝坻县合并成立天津市。天津市为中央直辖市，级别为省级行政单位。
北直隶更名为河北省，省会真定，真定府更名为常山市。北直隶的大名府划归河南省，山西蔚州、涞源、灵丘、天镇划归河北省。
南直隶下辖应天府、凤阳府、淮安府、扬州府、苏州府、松江府、常州府、镇江府、庐州府、安庆府、太平府、池州府、宁国府、徽州府、滁州、徐州、和州、广德州，18府97县。相当于21世纪的江苏、安徽、上海。
南直隶行政区划调整为上海市、江苏省、安徽省三个省级行政单位，行政区划大体与与21世纪相近。
上海市下辖苏州府、松江府、浙江嘉兴府，上海市为中央直辖市，级别为省级行政单位。江苏省省会南京市，安徽省省会庐州市。
广州府宝安县更名为香江市，香江市为中央直辖市，级别为省级行政单位。
广东省钦北防地区划归广西省，让广西省拥有出海口，成为沿海省份。
广东省琼州府成立海南省，海南省省会三亚市。
台湾岛、澎湖列岛虽然还没有被大明实际控制，但先成立台湾省，省会基隆市，开始筹建政府班子，做好治理台湾省的准备。
湖广地区调整为湖南省、湖北省，湖北省省会武昌，湖南省省会长沙。
陕西省行政区域以黄河为界，河套黄河以南地区、银川、兰州黄河以东地区均属于陕西省行政区域。陕西宝鸡更名为陈仓。
黄河以西宁夏地区、河西走廊地区、龙首山、合黎山、马鬃山以北、巴彦卓尔以西、狼山西部阿拉善高原地区成立甘宁省。甘宁省省会张掖。
北京市、天津市、上海市、香江市、辽东省、河北省、山西省、陕西省、甘宁省、云南省、广西省、海南省、台湾省为特别行政区，试行特别的民政政策，由新锦衣卫进行全面管理。
北京市作为大明的首都，建成为大明的政治中心、文化中心。
天津市、上海市、香江市分布于大明的北、中、南三地，可全面覆盖大明的海岸线。三地依托大型港口，定位为覆盖南北的物流中心、经济中心、金融中心，打造成国际化的超大城市。
原永平府开平中屯卫更名为唐山区，由天津市直管。
海南省三亚市定位为国际自由贸易港，全面放开海禁。所有外国人可在三亚市可申请租用土地，建房建厂，建立办事机构。在政府许可的年限内，拥有在三亚市的居留权，可自由进行贸易活动。外国商船、军舰经批准可停靠三亚港。
海南省三亚市国际自由贸易港建立后，选择合适时机取消澳门葡萄牙人的居住权，迁往三亚市居住，并开展自由贸易活动。
外国人以及外国商船进入内地需要持有三亚市海关颁发的护照和通行证，军舰不得进入沿海港口。
辽东省、河北省、山西省、陕西省、甘宁省、云南省、广西省为军事重镇，台湾省为正在筹备收复的军事重镇。
北京市、天津市、上海市、香江市、辽东省、河北省、山西省、陕西省、甘宁省、云南省、广西省、海南省、台湾省13个特别行政区的原有民政体系全部撤销编制，所属官吏由新锦衣卫以组织集中学习培训的名义，进行整肃整编。
经甄别审查，无违法犯罪行为的官吏，进行正式学习培训，经考核合格后，安置到新锦衣卫各基层岗位工作。
南京六部等中央机构编制裁撤，取消南京留都的政治地位。
其它12个省全面裁撤总督、巡抚、布政使、分守道、知府、知州、知县职务。重新任命省长、副省长、市长、副市长、县长、副县长等民政主官。镇村两级的基层公务员由新锦衣卫安排人员担任。
12个保留原民政管理体系的省份，官员经过打乱调整，权力被大大削弱。新锦衣卫通过履行国防部、公安部、国安部、司法部、监察部、宣传部、文教部、民政部、卫生部、建设部的第一步职责，已经掌控了大部分基层政权。
通过大明行政体制的改革，新锦衣逐步履行国土部、农业部、工业部、商务部、税务部、人事部、财政部的第二步职责，逐渐掌控地方资源、人事、赋税。为大明的赋税改革、政治经济改革奠定更加坚实的基础。
北京中央机构精兵简政，裁撤宗人府、太医院、詹事府、国子监、翰林院、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、六科给事中、大理寺、通政使司、工部、刑部、兵部。
太医院分管的职责由北京医学院接管。詹事府分管的职责以及通政使司的部分职责由皇家办公厅接管。国子监、翰林院的职责由皇家北京大学和新锦衣卫教育部接管。太常寺、光禄寺、鸿胪寺的职责由礼部接管。
宗人府、六科给事中的职责以及通政使司的部分职责由都察院接管。大理寺、刑部的职责由新锦衣卫司法部接管，工部的职责由新锦衣卫建设部接管。太仆寺的职责以及兵部除车驾司之外的职责由皇家卫队接管。
礼部内部改编为礼仪司、贡举司、外交司、文史司。设置正二品尚书1名，从二品侍郎2名，各司正三品司长1名，从三品副司长2名。取消郎中、员外郎、主事等官衔称谓，各司下设正四品处室、正五品科室编制。
处室主管为正四品处长1名，从四品副处长2名。科室主管为正五品科长1名，从五品副科长2名。科室办事人员设置正六品科员、副六品科员两个等级。
吏部、户部参照此编制执行。
礼仪司负责日常官员行为规范、礼仪礼节、荣誉称号、祭祀活动、庆典活动、宴会等。贡举司负责教育、科举以及秀才、举人、进士的管理培养。外交司负责对番邦外国的接待交往。文史司负责制诰、史册、文翰、修撰国史。
都察院内部改编为都察司、信访司、宗人司，设置正二品院长1名，从二品副院长2名，各司正三品司长1名，从三品副司长2名。取消左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史、监察御史等官衔称谓。副司长以下编制参考礼部执行。都察院的官员对外统称督察官。
都察司在全国各州县成立办事处，负责侦察纠察监察地方官吏的违法犯罪行为。发现涉嫌犯罪的官吏，可直接传唤审问不超过72小时。一旦掌握证据，可立即移送新锦衣卫司法部进行复查并判决。
信访司在全国各州县成立办事处，接受四方陈情建言、申诉冤滞、举报等事。宗人司负责撰写皇室宗谱，监察宗室人员行为规范，对违法犯罪人员进行审查。
原兵部车驾司掌管卤簿、仪仗、禁卫、驿传、厩牧之事。主要负责管理皇帝仪仗、车驾、安全护卫以及管理驿站系统。
皇帝仪仗、车驾、安全护卫由皇家办公厅特勤处接管，饲养和放牧厩牧之事由皇家卫队接管。