这一切都源自七年前。
日本顶级制药企业「野座间制药」秘密研发出了「Amazon细胞」。这是一种尺寸极其微小的人工生命体，野座间制药以此培养出了大到人类大小的成体，即「Amazon」（复数时称为Amazonz）。在细胞层面的阶段就有喜欢蛋白质的本能，尤其是人类的蛋白质。但如果定期给特殊的药剂，就可以抑制其吃人的本能，可是一旦细胞觉醒药物便不再起作用。
成体的Amazon具有和人类相似的外观、智力、习性（不包括饮食），但是成长周期远低于人类，一般在两年以内便可进入成年期。可因主观意识的驱动和外界环境的刺激而使细胞快速分裂分生改变形态，从而转变为Amazon形态，此时会产生的大量的高温蒸气发出（特殊个体变身时还将伴随着火焰、高热和冲击）。Amazon形态多会表现出某些生物的特征，如生出甲壳、皮毛、节肢或利齿，依具有鼹鼠或者蜘蛛、蝙蝠等动物或亚昆虫等节肢动物特征的异形身躯来分类。并通过强度给予由弱到强的E至A的等级，识别代号为对应动物原型英文的首字母。身体综合素质是人类的十倍以上，并拥有强大的生命力及恢复力。因为这些特性，Amazon被野座间预备发展于工业、军事等领域。
但是因为一场实验事故，在野座间地下研究所“饲养”的4000只Amazon被释放了出来。（真实原因可能是野座间制药高层从中操作导致）事件发生后，野座间制药立即对消息进行了封锁管控，同时因为政府与野座间有所勾结，在各方面有形以及无形的推动，使得普通民众几乎不知道这场事故。
因为和人类极度相像，众多Amazon轻易隐藏在了人类社会中。同时在逃逸时，每个Amazon身上都佩戴着“臂环”，即会定时输入抑制药物的“安全装置”。药物的容量起作用的最长的时间是两年，即隐藏期，这段时间内Amazon不会觉醒食人欲望。而在药物中断后，Amazon就会觉醒对人肉的渴望，并且再填充药物也无法抑制，这一过程称为Amazon的觉醒。而事故发生两年之后，则会发生大量的Amazon的集体觉醒。
为了应对事故，野座间本部长水泽令华成立了专门消灭散布在城市中的Amazon的部门。配备了专门的武器装备，以高额的报酬作为交换，让雇佣的人所属的“驱除班”出场与Amazon直接进行战斗。除驱除班以外，还有调查班、清扫班、解析班等存在。
而后野座间本部又进行了「特拉洛克作战」。特殊研究开发本部为了一举驱除散布在城市各处的实验体而开展的作战计划，使用无数架无人机搭载，利用降雨将对“Amazon瓦斯”洒落于各处，使Amazon的细胞溶解。这一作战消灭了绝大部分的Amazon，剩余的少数也沉寂。
就这样平静的度过了五年。
突然某一天，Amazon又开始出现了，并且不是少量出没，而是群体的爆发。这并非是五年前残存的Amazon，而是不知为何诞生出的新型Amazon，这种Amazon是由人类变异而成的。野座间立即开始调查，最后发现是有着统一感染源。
调查的结果判明在Aroma Ozone的业务用饮水机的水中含有溶原性细胞，该细胞可以将人类感染为新型Amazon。此时的感染者以万为单位。一旦感染体表就会有黑色血管状的花纹浮现出来，理性也会丧失。
为了歼灭新型Amazon，并根除感染源，野座间制药和政府的共同出资新设立了对Amazon用特殊机构·特定有害生物对策中心（Competitive Creatures Control Center），简称为4C。
故事由此展开。
“终于到了这个时候吗。”
白光闪过，昭阳和尹融的身影出现在了Amazons的世界中。昭阳由衷发出了一声感慨，他知道这是他迟早要面临的挑战。自从进入空间的一开始，他就和Amazon有了解不开的联系。
“那么系统，这次的任务是什么呢？”昭阳问道
“这么急着知道吗？那就告诉你好了。”脑海传来了系统的笑声。
“编号7-000913
体质：人类、Amazon、Xtreme、邪骨病毒改造体、奥菲以诺。
危险等级：4.0
试炼世界：假面骑士Amazons
试炼任务：击杀千翼，获得原生体样本
试炼类型：单人任务
试炼奖励：？？？”
“什么？要杀死千翼吗？！”昭阳感到无比的震惊。
千翼是假面骑士Amazons（S2）的主角，他是Amazon和人类的儿子。外观看上去有18岁，实际年龄却只有5岁。尽管不成熟，但是他生性善良，对人类抱有吞噬欲望的他无时不刻都在克制着自己，同时也在用自己的方式阐释着对生命的渴求。曾经在观看这部影片的时候，昭阳数次被这位少年爆发出的孤独的感情所感动，同时心里也为他悲伤着。
“让我去杀死千翼！这什么鬼任务啊，这种事我怎么可能去做啊！！”昭阳从心底抗拒着这个任务，此时他心里不断咒骂着Evolution系统。在原作中千翼只是想普通的活下去而已，却遭到各方势力的攻击，生存对他却成为了奢求，而现在系统居然想让自己也成为帮凶吗，这绝不可能！
“哼，杀死一个原本就必死的人对你来说有这么难吗？就算你什么都不插手他也会死。而且尹融会全力协助你的，对吧？”
尹融看着昭阳立刻回答道：“对。”
“不可能啊！我怎么可能眼睁睁看着这样一条生命去死呢！！”昭阳也不知道自己是怎么想的，他很想改变千翼会被杀死的这一现实。明明千翼与他毫无关系，但只是想到，就诞生出了想救这一念头。想要狠下心来决定不去干涉都没有办法。他很惊惧于自己的改变。
“我早就猜到你会这么说了。”Evolution系统忽然冷笑了起来，“所以我特意给你准备了任务惩罚。如果这次任务失败的话，尹融就没命了哦。为了保护尹融，你必须去完成任务！”
“你这个卑鄙的混蛋！”昭阳气到破口大骂。Evolution系统这算是触及到他内心最柔软的地方了，在他的一生中，再没有比妹妹和尹融更重要的人了。为了尹融，让昭阳做任何事都行。看来就算感到难过，也必须按照系统说的做了。
系统在说完刚才那一番话后就消失了。昭阳的心情确是久久不能平静。尹融一脸平静地站在昭阳身边，仿佛没听到系统刚才的话似的。
“尹融，你不担心吗？”昭阳怀揣着复杂的情感问道。
“担心？”尹融歪着头看向昭阳，像是没能理解。然后微笑着摇了摇头，“我会替昭阳完成任务的。”
昭阳一时语塞，不知道说什么，只得打量起来周围的风景。这里看起来是个废弃的游乐园，曾经用来饲养动物的圈内已空无一物，旁边是些滑梯平衡木这些娱乐设施，上面显然因为太久没有使用而显得陈旧，湖畔的边上停着几艘落满灰的鸭子船。一切都留下了时光的痕迹。
“这个场景……有些眼熟……”昭阳不安地看着这个场景，总感觉对这里有印象。这时尹融忽然回头看向了一个方向。
倒在地上的金属牌发出了被什么人踩到的咣当声，一个穿着黑衣的人从墙角走了出来。他跌跌撞撞的走着，一边用手扶着墙，踢倒了墙边的一个空油漆罐。
“啊，不好意思忽然闯进来……”
昭阳正说着，那个黑衣人忽然抬起了头。他穿着黑色的带帽长衫，破洞的蓝色长裤。他看起来大约三四十岁，乱蓬蓬的长发披散在头上，脸上有着沧桑的痕迹，双眼蒙着一层白翳。此时他正在不断转向四周寻找着什么。
昭阳认识那个人，他的名字叫做鹰山仁。他曾经是野座间制药的研究员，在培养出了Amazon，并发生了那场事故后，他自愿揽起所有责任，向自己体内移植Amazon细胞，成为了Amazon。并且发誓要杀光所有Amazon，包括自己，在这七年中他一直在完成屠杀Amazon的重任。同时，他也是千翼的生父。
在昭阳发出声音后，鹰山仁猛然把头面向了昭阳。被他那无神而浑浊的双眼盯着看，昭阳瞬间感觉心底都涌现出了深深的寒意。他当然知道自己在鹰山仁面前意为着什么。
“嘶，嘶嘶。”鹰山仁扇动着鼻翼，微微露齿，露出了浅显的笑容，“那个气味，你是Amazon吧。”
没有丝毫的疑惑，那是绝对肯定的语气。鹰山仁取出了一条因为磕碰而露出黑色漆面下金属色的腰带。那驱动器的中心有着两个眼角下垂的眼灯，以及两个用来握持的把手。
“不，不……”昭阳浑身冷意，不断摇着头，正想带着尹融逃跑。
“目标确认。”尹融冷漠地说道，眼睛逐渐变成了牛奶一般的纯白色。
“Amazon。”
“Amazon。”
纯白色与赤红色的气焰一同燃着，两人的身上爆出耀眼的光，周围的空气都被加热快速膨胀变形，两人的身影笼罩在这肉眼看上去已经扭曲的火光中。昭阳看见，在气焰的包裹下两人的身体形状正在不断改变，变得粗犷，狂野。终于在气焰升到最高的时候，同时爆开了，气焰的能量卷起周围的空气，爆发出气浪。从两人身上爆开了两个圆环，近在咫尺的昭阳被轰开，周围的碎石土块油桶也都被弹飞。两人的气浪相撞，在碰撞的中心筑起了空气高度挤压的气墙，两股能量相撞，尹融的明显不敌，被赤红色的能量撕扯的粉碎，铺面的狂风把尹融全身的羽毛都吹拂了起来。
“Blood and Wild！Wi-Wi-Wi-Wild！”
红色的气焰散开，露出了里面的身影。那是通体赤红色的狂野身躯，上面爬满了如同裂缝伤痕的绿色纹路，面部如同野兽一般立体锐利，嘴部尖锐前突，可以隐约看见里面那一排锋利细密的牙齿。额头上有一根细小的尖角。胸口是银白色，上面横着两条被切割过的伤痕，从腹部到裆下都是布满鳞片的肚皮。而最凶恶的武器则是手腕背侧，以及小腿，背后的黑色的鱼鳍，寒光凛凛。而那白色的复眼则昭示着他已经失明的事实。这即是假面骑士Amazon Alfa（亚马逊阿尔法）。
白色的炽热蒸汽喷出，飘白的羽毛被蒸汽喷飞，散落在尹融身旁，在白色的蒸汽下尹融好像是天使一般。她翘然挺立着，双翼披在背后，羽毛丰满而柔顺。浑身的洁白伴着银光，她的身上穿戴着纤细的女式盔甲，腰后的尾羽长且披散，如同孔雀的尾巴一样，柔白的羽毛遍布身体的每一个部分。黑色泪腺上是洁白的双眼。头上梳着仿佛花朵似的羽毛，宽大的喙形成的面罩遮住了整张脸。她正是Swan Amazon（天鹅亚马逊）。
“你……休想伤害昭阳！”唯有在涉及到昭阳时，尹融会表现出强烈的情感。她一抖浑身的羽毛，那白羽被风带动微颤着，将风切割，她轻盈地舞动，足尖踏在地面上，轻踏着冲向准备猎杀昭阳的鹰山仁。
“不要，尹融！”昭阳此时完全没有和鹰山仁战斗的意愿，只想赶快逃跑。精神上的压制实在太过严重了。
鹰山仁歪头倾听着，不断接近的脚步声，铁板被踩踏的声音，还有……利羽的破空声！像是感受到了什么，鹰山仁把身子一斜。尹融猛冲到鹰山仁身边，用手臂上的利羽划向他的脖子，锋利的羽毛在鹰山仁的脖子上开了一条血线，黑色的血浆蹦跳着流淌到了鹰山仁的胸口。
尹融正准备收回手臂，进一步扩大伤口，鹰山仁却在这时动了。他的手臂伸到尹融手臂的下方，再向上猛的勾起，尹融的手就被这样架在空中动弹不得。
逼近的锋芒在尹融眼中不断放大，鹰山仁挥出了另一条手臂的鳍刃，尹融此时被控制住，躲无可躲，避无可避。当然，她也没打算躲避就是了。
脚尖猛地一点地，全身的力道被传输压缩在一点，尹融轻柔地向上翻越而去，另一只手臂上的利羽蓄势待发。她以被鹰山仁夹住的手臂为轴，弹跳翻越过了鹰山仁的头顶，目标正是他的后颈。
寒芒在空中划过曲线，从后腹部到尾羽，鹰山仁的鳍刃在尹融身上开出了硕大的伤口，尾羽被切断，染血的羽毛飞散，在空中翻越的尹融却好似没感觉到一般，那里至今为止还没有被活化，无法感受到疼痛，任由血液从头上泼洒在鹰山仁脸上，遮住了他泛白的复眼，流进了他嘴里。
脚尖虚踏，稳稳落地，然后挣开手臂的束缚，尹融一拧腰，身子转动了过来，手臂高高举起，上面的利羽被血液遮盖也无法掩盖寒光。就在这时，鹰山仁头也不回，只是一抬右手臂，猛地向后砸去。
尹融的动作停了下来，然后悬空的手无力垂落，像是绳索般吊在身上。鹰山仁的鳍刃深深嵌入尹融的脸，刀锋轻易破开了面罩和头骨，把她的头竖着分成了两半。
鹰山仁抽回刀刃，脑浆和血液从颅腔冒出，把头骨的碎渣冲了出来，弥漫到脸上，尹融的身体像是被抽走了灵魂，破布口袋般摔倒在了地上。