在北宋徽宗统治的那个年代，浙江桐乡县有一位名为来本如的书生。他自幼孤苦伶仃，父母早早离世，年届二十余岁仍未婚配。虽然家境贫寒，来本如却饱读诗书，才华横溢，尤擅长诗词歌赋，俊朗的外表和出众的气质深受邻里赞誉。然而，尽管满腹经纶，来本如却未能在科考上取得任何功名，迫于生计，他只得在本村的一位财主水鉴家中教授学问。
水鉴家有一闺女妙姑，正值豆蔻年华，十四岁的她是水鉴正妻所出，自正妻去世后，由继母封氏引荐来本如到家中担任私塾先生。当妙姑透过门缝偷瞧到来本如这位英俊少年时，心中不禁泛起喜爱之意。水鉴见来本如品行端正，且深得女儿青睐，便萌生了招他为女婿的想法。然而，来本如却婉拒了财主的好意，他坦言自己尚未取得任何功名，希望能够等到学业有成，功成名就后再考虑婚嫁之事。水鉴欣赏来本如的远大志向，因而尊重他的决定，不再强求这段姻缘。
一日，来本如进城与朋友相聚，没想到畅谈甚欢，耽误了归程，待他离开时已是暮色四合。为节省时间，来本如选择了较为僻静的近路返回。行走不到两三里，一座古老破败的庙宇映入眼帘。长途跋涉的来本如感到疲惫，便在庙门前坐下稍作歇息。正当他享受着晚风拂面时，忽闻庙内传来阵阵女子凄厉的哭泣声。好奇心驱使着他推门而入，只见昏暗的庙内有两个身形魁梧的和尚，正对一名年轻妇人施以暴行。
来本如惊愕之余，还未及采取行动，其中一个和尚就已经察觉到他的存在，手持一根沉重的生铁禅杖气势汹汹地扑向他。来本如见状，慌忙转身逃窜，却在慌乱间被门槛绊倒，跌落了一只红色的鞋。那和尚紧追不舍，来本如赤足狂奔，一心只想逃入附近的草丛深处。不料，慌乱中他并未留意脚下，一头栽进了草丛中隐藏的一口无护栏的深井内。和尚紧跟其后，见来本如下井，立即将禅杖插入井中猛力搅动，却始终无法触及井底，这井显然深不可测。和尚在井边停留片刻，估摸着来本如必死无疑，便悻悻地收起禅杖，返回了庙中。
而当他回到庙内，却发现那名年轻妇人已被杀害在庭院之中，他的同伙僧人也已不见踪影。和尚惊恐万分，意识到大事不妙，立刻丢下禅杖，快速逃离了庙宇，消失在茫茫夜色之中。
那个在庙中被残忍杀害的女子究竟是谁？她，就是城中那家小有名气的酒馆老板刘阿闰的妻子，周氏。周氏与阿闰因些琐事起了争执，一气之下，她决定回娘家去。娘家远在城外五六里外的乡村，周氏独自一人踏上了归途。
当周氏来到那座古老的庙宇前时，天色已晚，四周一片寂静。不料，她却在庙门口遇到了两个胖乎乎的和尚。这两个和尚一见周氏年轻貌美，又是孤身一人，眼中便露出了贪婪与邪恶的光芒。他们毫不犹豫地将周氏拽入庙内，准备对她行不轨之事。
就在两个和尚即将逞凶之际，一个名叫来本如的人闯入了山门。一个和尚手持禅杖冲向来本如，试图阻止他；而另一个和尚则强行将周氏拖入庙的深处。周氏在庙中惊恐地叫唤着，声音在空旷的庙宇中回荡。和尚们担心被人听见，引来麻烦，于是其中一个和尚一时冲动，拔出刀来，狠心地结束了周氏的生命。
杀人的和尚没有等待同伴回来，他害怕被追究责任，于是选择了独自逃命。而周氏的悲惨遭遇，就这样被永远地留在了那座古老的庙宇之中，成为了一个未解的谜团。
另一边，自从阿闰与妻子周氏因琐事争吵，周氏一气之下离家出走后，邻居们纷纷劝说阿闰赶紧去追。毕竟天色已晚，周氏一个人回不到娘家，而且一个年轻女子独自在路上行走，实在太过危险。阿闰在邻居们的苦劝下，终于下定决心，跟着他们一路追寻而来。
当他们来到那座古庙前时，突然发现庙门槛附近有一只鲜艳的红鞋。众人心中一紧，感觉事有蹊跷，便捡起红鞋仔细查看。当他们推开门走进庙内时，眼前的景象让他们惊呆了——周氏满身血污，一丝不挂地躺在地上，已经没有了生命气息。
阿闰和邻居们上前仔细辨认，确认死者正是他的妻子周氏。阿闰瞬间呆住了，仿佛被雷击中一般，站在那里一动不动。邻居们手中紧握着那只红鞋，心中已经有了判断——杀死周氏的凶手，很可能就是穿这只红鞋的人。而且，这个人肯定还没逃远，只要马上去追，或许还能抓住他。
于是，众人一哄而散，纷纷冲出庙门去追捕那个穿红鞋的凶手。然而，追了不到半里路，他们却隐隐约约听到有人喊救命的声音。众人循声找去，发现声音竟是从一处草丛中的枯井里传出来的。
他们赶紧揭开井口的盖子，用搭膊拴成绳子下到井里。在井底，他们发现了奄奄一息的来本如。看到绳子落下来，他拼尽全力抓住绳子往上爬。众人齐心协力，很快就将他从枯井中拉了出来。
此刻，众人心中充满了疑惑和不安——这个来本如究竟是谁？他和周氏的死有什么关系？穿红鞋的凶手又究竟去了哪里？这些谜团仿佛一道道阴影，笼罩在每个人的心头，让他们不禁感到一阵莫名的恐惧。
胡县令话音一落，随即命令手下准备动用重刑。两班衙役早已严阵以待，他们一听到县令的命令“打！”，便毫不留情地挥起板子，狠狠地朝来本如身上砸去。来本如痛得撕心裂肺，浑身的骨头仿佛都被打散了一般，最终承受不住酷刑的折磨，昏死过去。但衙役们并未就此罢休，他们用冷水将来本如浇醒，接着又是一轮残酷的拷打。
经过几番残酷的折磨，来本如终于无法再忍受下去，他心理防线崩溃，只能无奈地承认是自己加害并杀死了周氏。
胡县令见来本如已经招供，便毫不犹豫地判了他死罪，将他打入大牢之中。此事迅速在城内外传开，引起了轩然大波。水员外听到来本如因杀人被关押的消息后，心中充满了惊讶和不解。他一直认为来本如是个诚实可靠、风度翩翩的君子，怎么可能做出如此伤天害理的事情呢？
怀着满腹疑惑，水员外亲自来到狱中探望来本如。在狱中，来本如将整件事情的前因后果一五一十地告诉了水员外。水员外听完之后，对来本如的遭遇深感同情，并安慰他一番。同时，他还表示会尽力想办法帮助来本如洗清冤屈，将他从牢狱中救出来。
时光荏苒，转眼已是三年过去。来本如在这阴暗潮湿的牢狱中度过了漫长的岁月，而水员外则不惜一切代价，为他四处奔走，打点关系，只为保全他的性命。若非水员外的全力相助，来本如恐怕早已命丧黄泉。
此时，江南地区方腊作乱，朝廷派出了张叔夜作为招讨使，带领梁山降将前去征讨。方腊在接连的败仗中，不得不放弃江南，带着残兵败将逃往浙江。浙江当地的官府衙门纷纷逃离，牢房中的犯人也都趁机逃走，空无一人。
张叔夜抵达桐乡后，方腊的军队继续败退。他检查了桐乡的大牢，发现里面的犯人几乎都已逃走，唯独一个书生还静静地呆在牢房里。这个坚守在牢中的书生，正是来本如。张叔夜好奇地询问来本如究竟犯了何罪，又为何不趁机逃走。来本如坦然地将自己的遭遇说出，并表示自己宁愿一死，也不愿成为和乱民一样的逃犯。
张叔夜听后深感来本如是个有骨气的正人君子，于是他将来本如的案卷找来仔细查看。经过一番审视，他发现了其中的疑点。如果来本如真的祸害并杀死了周氏，那么他何必还要留下红鞋作为把柄呢？再者，来本如失足掉入井中，如果鞋子丢失，也应该是在井边，而不是远在庙门口。这些疑点让张叔夜断定，来本如是被冤枉的。
于是，张叔夜做主，将来本如赦免无罪，让他重获自由。来本如感激涕零，终于走出了这个困住他三年的牢狱，重新开始了他的生活。
来本如终于洗清了冤屈，正要向张叔夜拜辞离去。然而，张叔夜见来本如仪表堂堂，言谈举止间流露出不凡的韬略与文化底蕴，心中不禁暗自赞赏。经过一番思量，他决定留下这位才华横溢的年轻人作为自己的参谋。
此时江南战乱未平，来本如的家园也早已化为一片废墟，无家可归的他感激张叔夜的收留，便留在了军中。两人正在交谈之际，一名军校匆匆前来禀报，称在府衙后堂发现了数百名年轻女子，她们都是方腊撤军后留下的。张叔夜心中一沉，他知道这些女子都是被掳来的无辜民女，当即下令军校将她们全部释放回家。
军校们开始逐一点名释放这些女子，当点到一半时，突然一个女子从人群中走出，大声呼喊着来本如的名字。来本如仔细一看，惊喜地发现这位女子正是水员外的小妾封氏。当初正是封氏介绍他来水员外家当教书先生的，两人因此结下了深厚的情谊。
来本如连忙上前询问封氏为何会流落到这里，封氏含泪讲述了战乱后她与水员外一家避难的遭遇。原来他们在途中被方腊的士兵冲散，封氏不幸被掳走。如今她也不知道水员外和其他家人的下落。来本如心中焦急，忙问封氏那个尼姑庵的具体位置，封氏告诉他就在五十里外的水月庵。
来本如立刻请求张叔夜帮忙寻找水员外一家，张叔夜立刻派出一队精兵前往水月庵。同时，他将封氏暂时安顿在县衙的房间里，等待家人的消息。不久后，精兵们找到了水员外一家并将他们带回了县衙。水员外对来本如的救命之恩感激不已，当场决定将女儿妙姑许配给他。
张叔夜也为两人的结合感到高兴，他慷慨地出资二百两彩金和二十端彩币作为聘礼，并约定在大军凯旋之日让来本如和妙姑成亲。不久之后，在张叔夜和来本如的共同努力下，他们成功设伏活捉了方腊，荡平了方腊本部。大军凯旋而归，张叔夜因立下大功被升为枢密院正使，而来本如作为参谋也被赐进士及第并升为广东监察御史。
功成名就的来本如终于回到了故乡与妙姑成亲。此时的他已经二十四岁，而妙姑也已经出落得亭亭玉立，年方十七。两人的婚礼在乡亲们的祝福中隆重举行，来本如终于找到了属于自己的幸福归宿。
成亲之后，来本如接到了广东的赴任命令，他收拾行囊，踏上了新的征程。到任后的第二天，他便听闻了龙门县一桩扑朔迷离的冤案，心中不禁涌起一股探寻真相的冲动。
这桩冤案的主角是龙门县的一个参将，名叫高勋。此人自诩为朝中太尉高俅的亲戚，因此恃强凌弱，在民间放高利贷，手段狠辣。他放出的贷款利息高得离谱，百姓们苦不堪言。那些借了他钱的人家，往往因此家破人亡，生活在水深火热之中。
在龙门县，有个开点心店的店主叫曾小二。他的母亲因病去世，因无钱安葬，曾小二便借了高参将十两银子。然而，一年后连本带利，他竟需偿还高达三十两的债务。当时，高参将的任期即将结束，他急于在卸任前收回所有债务，因此对曾小二进行了疯狂的逼债。
走投无路的曾小二，竟然产生了将妻子卖掉来还债的念头。夫妻二人夜间相对哭泣，哀叹命运的不公。他们的哭声惊动了邻居皮匠施惠卿。施惠卿是个心地善良的人，他独自一人生活，家中并无妻妾。他平时积攒了三十两银子，本想用来做些小本生意，改善生活。
当时，城外的宝应寺正在修缮寺庙，一个和尚在巷口搭了个草棚募缘。施惠卿本想去捐些善款，为寺庙的修缮尽一份力。然而，在听到曾小二的哭声后，他的心中涌起了一股强烈的同情和正义感。他决定用自己的积蓄来帮助这对可怜的夫妻，为他们摆脱高参将的逼债。
事情的发展却超出了施惠卿的预料。他的善举竟然引发了一连串的离奇事件，让整个龙门县都笼罩在了一片迷雾之中。来本如深感此案不同寻常，他决定深入调查，揭开这桩冤案背后的真相。
那天清晨，阳光洒满了小巷，施惠卿怀揣着三十两银子，准备前往宝应寺捐钱。然而，当他经过曾小二的点心店时，却意外听到了里面传来的哭泣声。他好奇地走了进去，只见曾小二和妻子商氏正抱头痛哭，满脸无助。
施惠卿心中一紧，连忙询问缘由。得知曾小二因债务被逼得走投无路，他毫不犹豫地掏出那三十两银子，递到曾小二面前：“这钱你拿去还债吧，别再让妻子受委屈了。”曾小二和商氏感动得热泪盈眶，跪在地上连连道谢。
不久，讨债的官兵上门来了。施惠卿挺身而出，将那三十两银子交给他们，为曾小二夫妻解了围。官兵们拿到钱后满意离去，曾小二和商氏则再次跪在施惠卿面前，感激涕零。
然而，一天晚上，当施惠卿应邀前往曾小二家中吃饭时，却发生了一件意想不到的事。他来到曾家，只见商氏独自坐在桌边，曾小二却不见踪影。施惠卿心中疑惑，忙问商氏缘由。商氏低头支吾道：“我丈夫说……说受了你的大恩，心中不安，所以……所以将我抵给了你。”
施惠卿闻言勃然大怒，他拍案而起，怒斥商氏夫妻不该如此曲解他的好意。他救济他们本是出于一片善心，却没想到会被他们这样误解。他愤怒地推开桌子，头也不回地回到了家中。
回家后，施惠卿心中郁闷难平。他担心自己住在曾小二隔壁会引来闲言碎语，也担心曾小二会因此再起疑心。于是，他决定搬家，远离这个是非之地。经过一番周折，施惠卿终于找到了一处远离曾小二家的住所，他的心中也总算安定舒坦了许多。
此后，施惠卿继续经营着他的皮匠生意，生活虽然平淡，但他的心中却始终保持着那份善良和正义。
施惠卿搬家那日，曾小二家的大门却异常紧闭。邻居们好奇地敲门呼喊，却无人应答。他们轻轻一推，发现门竟是虚掩着的，门轴已经断裂，显然被人强行破坏。邻居们心中一惊，小心翼翼地进屋查看，却发现商氏倒在床边，面色惨白，已然断气。显然，她是被人用力掐死的。
商氏的死讯迅速在城中传开，引起轩然大波。人们议论纷纷，矛头直指刚刚搬家的施惠卿。一时间，流言四起，都说施惠卿为了霸占商氏，不惜杀人灭口。邻居们义愤填膺，纷纷到县衙报案，要求严惩凶手。
当时的县令沈伯明，听闻此案后，立刻命人将施惠卿缉拿归案。沈县令怒目而视，厉声质问施惠卿为何要杀死商氏。施惠卿连连喊冤，解释自己曾好意替曾小二还债，后又为避免误会搬家远离。然而，沈县令却不肯相信他的辩解，一口咬定施惠卿是故意还债以博取商氏好感，实则心怀不轨，诱骗不成便痛下杀手。
为了迫使施惠卿认罪，沈县令下令动用大刑。施惠卿被打得皮开肉绽，痛不欲生。在无尽的折磨下，他无奈屈打成招，承认了莫须有的杀人罪行。
夜幕降临，曾小二趁家人熟睡，悄无声息地离家出走，决心奔赴五台山剃度为僧。由于头脑简单，他误解了施惠卿的好意，误以为对方趁人之危。家中已无牵挂，曾小二踏上了这条遁入空门之路。行程启动后的二十多里地后，他在一个村庄里停下歇息，不料半夜却突患重感冒，高烧不退。这场病魔纠缠了曾小二足足半个月，才慢慢康复。
康复后的曾小二正准备再度启程，却从途经的行人那儿得知城中商氏被杀的噩耗，心头一震。他深知施惠卿不是那种滥杀无辜之人，离家前他已把所有事项与商氏交接清楚，施惠卿得到财物后根本没有理由再去杀害商氏。深感施惠卿被冤枉的曾小二，毅然决定折返回城，径直走进大牢，与被囚禁的施惠卿面对面交谈，共同解开心中的疑惑。为了洗刷施惠卿的冤屈，曾小二决心找上新任的监察御史来本如，递交诉状，请求重审此案。
曾小二说到做到，他带着状纸直奔来本如的办公室，将其郑重呈上。来本如接过状纸，决定亲自审讯曾小二和施惠卿。他首先询问曾小二家中近期是否有亲戚来访，曾小二摇头答道，自家贫困，平日罕有亲戚走动。接着又问施惠卿，施惠卿坦诚自己独居已久，最近巷口宝应寺的和尚们搭建帐篷募款，他曾邀请和尚到家中用餐，并打算捐赠三十两银子，但银两最终给了曾小二家，自那之后，和尚就没有再来过。而这个细节，也许正是揭开案件真相的一丝线索。
来本如听闻宝应寺和尚之事，忙向里正询问和尚是否还在城中，里正回复和尚们已经回到了寺庙。于是，来御史下令暂时羁押施惠卿，决定亲自前往宝应寺调查。来到宝应寺，只见大殿正在进行修缮，而十位和尚中有九位正在庙内，据说是为了响应来本如的通知，提前等候。来本如命令住持一一核实人数，结果发现确实少了一位和尚。他怒不可遏，今日特地设宴招待和尚们，竟有人胆敢缺席，实在嚣张至极。来本如立即指示差役对寺庙进行彻底搜查，最终在一处废旧的香积厨下，发现了一个缩成一团的和尚。
和尚被拽出藏身处洗净面目后，来本如又让施惠卿的邻居们辨认，大家都一致指认这位和尚就是在巷口募捐的那个人。来本如果断将这名和尚带回衙门审讯，经过一番盘问，和尚最终承认是他杀害了商氏。这个和尚名叫去非，得知施惠卿将所有的钱都给了曾小二，心中顿生贪婪和不甘。他并不知道曾小二当晚已用这笔钱偿还了债务，因此在曾小二家门外伺机等待，企图偷回那些钱。
那一夜，施惠卿离开曾小二家后，商氏独自留在屋内。去非和尚瞅准时机，在确认施惠卿和曾小二都不在家后，大胆闯入曾小二家，企图侵犯商氏。商氏面对非礼坚决反抗，去非和尚害怕被人发现，冲动之下竟狠心将商氏掐死。
来本如详细记录了去非和尚的供词，随之下令对其进行三十大板的杖责，并将其关押在死牢之中。他还严厉责备了宝应寺住持，认为其包庇恶徒理应受到连坐，但此次仅处以三百两银子的罚款，用以赔偿给施惠卿。随后，来本如传唤了沈县令，指责其滥用刑罚、逼迫无辜，同样罚其五百两银子补偿给施惠卿。然而，施惠卿不愿接受这笔赔偿，他决定将一半捐给宝应寺，另一半捐给曾小二，表明自己也要追随佛门，立志出家为僧。曾小二听闻后，也表示自己同样向往五台山，不打算接受这笔钱，也愿意捐给寺庙。
面对这一情形，来本如思索再三，决定将这笔钱用于整顿寺庙。他下令将宝应寺内年轻尚未成气候的和尚遣散回家，每人发放足够的路费，并严令他们在短期内不得再回寺庙。清理掉这批心性不良的和尚后，来本如做出了一个大胆的决定：将宝应寺交由施惠卿和曾小二共同管理，鉴于寺庙中的和尚已流失大半，急需招募新的僧侣填充。于是，来本如张贴了公告，公开招募品德高尚、虔诚修行的和尚加入宝应寺。公告一经传出，反响热烈，众多僧人纷纷前来报名，宝应寺内一时热闹非凡，呈现出焕然一新的景象。
午后阳光洒落在古朴的街头，一个与众不同的和尚出现在视线中。他目光阴鸷，满脸凶煞之气，手中紧握一把沉重的生铁禅杖，胸前挂满了颗颗晶莹的佛珠，虽形似《水浒传》中的鲁智深，却无其慈悲之心，反倒透出一股铁石心肠般的冷酷。来本如一眼就认出了这个人，正是五年前方才将他推向枯井深渊的凶悍僧人。和尚似乎已忘记那次往事，但来本如记忆犹新，此刻相见，可谓是冤家狭路相逢，和尚这次恐怕插翅难逃。
来本如保持着冷静，不动声色地稳住了和尚，趁其不备，收缴了他的禅杖，并将其引入庙内。和尚还没来得及反应，四周的官差如同猎豹般从四面八方一拥而上，迅速将他捆绑结实。和尚拼命挣扎嘶吼，然而来本如身边的差役各个训练有素，尽管和尚力大无穷，终究还是无法挣脱。
被紧紧绑在来本如面前的和尚，面对质问，仍然矢口否认罪行。来本如平静地讲述起五年前的那段往事，和尚听着来本如的叙述，过往的记忆如同潮水般涌现，他终于承认了自己曾在桐乡县与师兄一起为非作歹，并间接造成了周氏的死亡，虽然行凶者是其师兄，但自己确实曾将来本如赶入枯井。
原来，这位凶狠的和尚名为道虚，他的师兄名为道微。来本如追问道微现今的下落，道虚却声称自那次事件后，他就与师兄失去了联系，从此再没见过面。来本如不放心，命令寺中僧人翻阅了僧侣登记簿，惊讶地发现道微和尚几天前竟然刚刚在庙中报到。来本如立刻提审了道微和尚，起初道微拒不认罪，但在道虚和尚的当面对质，以及来本如精心布置的诡计——让差役假扮女鬼诱使道微吐露实情后，道微和尚在极度恐慌之下，终于承认了杀害周氏的罪行。
进一步审讯之下，来本如揭露了道微与道虚这对师兄弟在过去的五年间，流窜各地，多次为了财物而残害无辜，已有数条人命死于他们之手。身为出家人的道微、道虚二人，却未能坚守戒律，屡次犯下滔天罪行。来本如依法判处他们死刑，最终，道微、道虚和尚与之前被捕的去非和尚一道，被绑上柴堆，在公众面前执行了火刑，结束了他们罪恶的一生。