在小智和雪成奋力拯救时拉比的时候，水君出现了。比夏斯想把水君也捉住，但是因为有小刚的大岩蛇帮忙，水君逃过了一劫。小智和雪成借助水君很快爬上了时拉比制造出来的巨大怪物，然后开始尝试开导时拉比，在两人的努力下，时拉比终于脱离了比夏斯的操纵。
因为时拉比的逃脱，比夏斯手中的黑暗球爆炸了，巨大怪物也随着消散，可是时拉比也因为黑暗球的暴走变得极度的虚弱。因为生命之湖被污染了，所以即使再次将时拉比放入湖水中，也依旧没有好起来。小智一行人想起水君可以净化湖水，在水君的帮助下，生命之湖的湖水恢复了正常，只是时拉比受到了太多的伤害，即使是生命之湖也不能治愈时拉比，森林内的野生宝可梦都在为时拉比而哭泣。
这个时候，“森林的声音”再次显现，许多的时拉比出现在了生命之湖的上空，它们恢复了这只时拉比的生命。当时拉比群离开后，比夏斯再次出现了，他趁机抓住时拉比后想要飞走，小智马上抓住他的腿。比夏斯怎么甩都甩不掉小智，皮卡丘使用十万伏特攻击阻止了比夏斯的逃跑。
时拉比把空中落下小智和皮卡丘救了起来，而掉下来的比夏斯还想继续抵抗，但是他的黑暗球宝可梦已经逃跑了，在森林里的宝可梦和永久几人的包围中，比夏斯终于被抓住了。
危险结束后，雪成和小智不舍地告别，与时拉比共同回到了40年前，而小智和他的朋友们也离开了生命之湖所在的森林，继续踏上旅程。
在回想完这部电影的全部剧情之后，翔太原本还想回忆一下《幻之宝可梦 洛奇亚爆诞》还有《结晶塔的帝王 炎帝》还《水都的守护神 拉帝亚斯与拉帝欧斯》这三部电影中的剧情，但是，没那个必要了。
悟以往之不谏，知来者之可追，现在考虑的，应当是现在以及未来的事。
关于比夏斯这个火箭队的人员，他是个彻头彻尾的坏蛋，集结所有反派的特质，邪恶、虚假、完全以自我为中心。即使会伤害他人和宝可梦，他还是会夺取他想要的所有事物。
比夏斯为火箭队最高干部，在队里享有很声望，连位在基层的火箭队三人组都认了出来，并且马上为他鞠躬。比夏斯也是个野心很大的男人，表面上是为坂木献上时拉比，但背地是想利用时拉比的力量进而统治火箭队和征服世界。为了实现理想，比夏斯愿意牺牲队友和自己的宝可梦。
关于他这一次计划失败的最后结局，故事中并没有明说，但是擅离职守的玛夏多为他横插了一脚。
看着手上这张又老又丑的人皮脸，翔太无奈的还是将它和黑暗球一起用空间背包收了起来，毕竟，总有一天能用得上。
在收好这个人皮脸以及黑暗球之后，翔太前往了熔岩队的资料室当中。
在出示了自己的证件之后，翔太顺利的进入了熔岩队的资料室当中。
在输入一个人的名字之后，翔太在这里找到了他的相关信息。
在收集好这些资料之后，翔太将这些文件复印了一份交给了火村。
火村的办公室里，火村看着翔太递上来的文件，原本以为又是关于海洋队的一些情报，但是令他大失所望的是，这个文件中的情报，并不是他想要的，而且在基地中中还有。
“火光，你为什么想要调查巴特勒这个废物？”
“因为我感觉他不简单。”
“哦？这样吗？不过我还是希望你能花更多的精力在调查海洋队情报这方面，毕竟，现在是特殊时期了，世界的命运已经快要掌握在我们的手中了。”
“是，不过我还是想知道关于这个人的更多消息。”
看着翔太坚定的眼神，火村也不好多说什么，在自己的办公电脑上打出这个字之后，随后一份文件在打印机中被打印了出来。
“这是关于这个蠢货的一些其他资料，希望对你有帮助吧。”
说完这句话，火村继续低头处理起公务。
在关好办公室的门之后，翔太第一时间便拿起了这份额外的文件看了起来。
“和动漫中的大差不差，他果然现在还是在法恩斯做魔术师。”
法恩斯是位于丰缘地区的动画地点，特点为石英砂岩峰林，该地区的崎岖地形使得想通过此地寸步难行。
山谷下有一道横穴，基拉祈在此沉睡了千年，它会在千年彗星出现的七天觉醒。据说基拉祈从千年彗星吸收的能量可以保持法恩斯的丰饶美。
在了解以及回忆完这些之后，翔太离开了熔岩队的基地。
同时，在另一边，拿着GS球的班纳伊三人组已经坐着林氏飞机来到了桧皮镇。
在这里补充一下关于GS球的某些设计：
gs球一直是动画剧情的一条暗线，原本是作为动画中时拉比剧情的关键道具，但之后因为相关剧情被改编为电影《时拉比 穿梭时空的相遇》，因此动画相关的剧情就没有再发展下去了。
在宝可梦特别篇当中：GS球当中关押着一只雪拉比，而且这个球能被破坏掉。
翔太也因为回想起这个设定，用大针蜂进行超进化尝试过进行破坏这个球。
但是，出乎意料的是，这个球十分的坚韧，在超级大针蜂的连环破坏下都没有被打开。
在动画当中，宝可梦的橘子群岛篇，小智一行人从内木博士那里得到了无法传送且打不开的gs球，在交给大木博士后又要小智带着gs球转交给精灵球行家钢铁进行研究。小智将gs球交给钢铁后，得知gs球上面有一种很奇异的锁。
或许，就是因为这个奇异的锁导致超级大针蜂并不能将这个球给破坏掉。
然而这一切也都只是翔太的猜测而已，至于最后的结果会是什么？他也不得而知。
言归正传，夜晚，桦树林的礼堂当中，匆匆而来的班伊纳三人组在这里碰到了翔太口中的那个长相酷似人类的矮小精灵。
双方在对视一眼之后，都确定了各自的身份，或许GS球最后的答案将在这个夜晚被揭开。