当瞿式耜在桂林自杀的那一刻起，朱明朝廷已经事实上灭亡了，那位首辅大臣死的一点也不壮烈，孔有德攻入广西，军阀溃散，他有机会逃跑继续组织反抗的，但瞿式耜却对抗清事业失望了，选择留在桂林，被孔有德俘虏，坚持不降，一个月后死去，留下的不是气节也不过希望，只有和友人进行‘商业互吹’的几十首酸诗，当然，在文人的眼里，瞿式耜死的慷慨壮丽，青史留名，但却他没有选择对民族对国家最有利的方式。
瞿式耜死后，整个南明抗清在没有一支力量是由文官掌握的，掌握军队的只有藩王的军事集团，武将的家族团体和商人的利益集团，他们大多高举着大明的旗帜，却不会有任何一个人真的为朱明而战，无论是谁，真的光复中原，也会改朝换代，郑成功是这样，孙可望比他还不如，因为局势稍稍稳定，被溜须拍马之徒奉承的不知自己几斤几两的孙可望就想称帝了。
合众国与郑、孙两大政权注定是‘和而不同’，合众国可以与其进行一些合作，比如相约一起发动攻势，但也仅限于这般浅层次的合作，联盟只能奢望，而合众国也不会主动支持这些日后的敌人发展壮大。
李明勋默认了郑成功在舟山的主导权和继承原本属于监国一脉的东南战区，但在郑成功与合众国道不同不相为谋的情况下，李明勋是不会支持他发展的，实际上，郑成功对合众国最大的贡献就是在舟山发动比以往藩镇更强劲的攻势，牵制更多的抗清力量，至于其他，既不奢望也不需要。
两广会战的胜利更坚定的这一点，合众国通过与琼藩、晋藩的合作消灭了满勤一个重兵集团，只要再消灭两次或者三次，满清就彻底完蛋了，而合众国已经料理了海上威胁，并展开了轰轰烈烈的洲际贸易和印度洋贸易，可以说，这个国家已经进入有序发展状态，而不是用抢掠士绅、获得赔款等方式供养大规模的军队。
两广会战是吹响了反攻大陆的号角，使得合众国进入了一个有益的正循环，战胜胜利带来新的地盘和税源，新的税源会构建更强大更多的军队，而更强的军队会带来更多的地盘，如此滚雪球下去，早晚合众国不需要孙可望和郑成功来牵制满清，到那一日，这两股势力也就没有存在的必要了。
因此，李明勋对郑成功的态度非常强硬，打一顿只是开始，接下来的要求让延平藩着实始料未及。
在郑成功返回舟山之后，李明勋派遣使者解决东南变乱最后的问题，双方的矛盾在于黄镇、舟山藩镇和郑藩三大方面。
首先是黄镇，合众国没有揭露郑成功阴谋坑杀黄斌卿的事实，而是要求归还黄斌卿遗留的所有资产，黄斌卿死了，但是郑成功没有敢杀黄斌卿的妻子儿女，而黄斌卿的长子黄世爵此刻还在九龙地区开拓殖民地，无论是朱明的律法还是合众国的法律，黄斌卿的一切都应该由黄斌卿的妻、子继承。
财产方面，延平藩没有意见，关键是军队，黄斌卿的水师要么覆灭要么被顾荣带走，但陆师却有精兵四千，辅兵七千，加上家属近五万，但理论上这些是大明王师，所有延平藩要求全部留下，李明勋的对郑成功的态度是我说你做，没有商量的余地，而李明勋也没有想让黄世爵继承所有的军队和家属，这会引起九龙公司其他股东的不满，九龙目前也没有那么多地方安置，所以由合众国出面，派遣军队护送黄世爵和顾荣前去舟山，劝说士兵和家属前往九龙。
郑成功知道，自己不答应的话，至少也会被公开舟山的真相，甚至直接被合众国海军所灭，他只能答应，郑成功在延平藩说一不二，最终顾荣和黄世爵带走了一万七千人，其中有两千四百人的军队，延平藩在过去的时间里吞并了这些营伍，给了士兵相应的待遇，黄斌卿的影响力在下降，如果再过一年，或许不会有人跟着黄世爵走了。
黄镇的处置最终让郑成功措手不及，既然黄镇可以把士兵和家属带走，舟山藩镇同样可以，舟山各镇包括王之心在内，此刻还有一万五千人在香港等待东南变乱解决呢，这些藩镇也要求带自己的士兵的家属去南洋婆罗洲，因为婆罗洲大部分的股东都在其中，所以婆罗洲开发公司非常欢迎，虽然他们的家属被延平藩统治很久，但结果却完全不同。
舟山藩镇是士兵在外，家属在舟山，与黄镇士兵和家属都在舟山不同，而婆罗洲开发公司已经准备把撤退藩镇的士兵和家属全部安置在新占领的文莱地区，而且已经为士兵们划分了生产资料，村落是现成的，只不过都是高脚屋，土地也是熟田，只要挖掘沟渠，稍稍整治就能阡陌百里，所以对舟山藩镇士兵的家属来说，他们是前往南洋去享受安宁生活的，因此六万家属大部分选择下南洋，省的在舟山饱受战争之苦。
舟山本就只有丁口十三万，一下被带走了一大半，延平藩实力大损，这也与郑成功原本计划的，控制家属就能逼在粤士兵返回舟山的计划大相径庭。
但却不是全无好处，舟山狭小之地，本就安排不了多少人，而郑成功计划把藩下士兵在琉球的家属迁来，如今走了许多人，倒是空出来房子和土地了。
郑藩的问题则比较复杂了，虽然郑成功把责任全盘推卸给了已经叛变的施琅，但不可否认的是，郑成功派遣施琅南下金夏，才造成金夏失守，满清渔翁得利的局面，延平藩负有主要责任，这个过程中，郑藩的陆地精兵损失殆尽，水师的家属也被屠杀大部，剩余的残兵军属被周氏兄弟带去了舟山，硬算起来，郑成功得打下金夏二岛，赔偿三万精兵和十万丁口给郑藩，才是两不相欠，但这是要郑成功的老命。
郑成功哪个都做不到，他甚至不能替郑藩重新夺回金夏，所以郑成功的意思拖，给他三五年时间，一定为郑藩报仇血痕补偿损失，但郑彩却是有些倦怠了，郑彩虽然是郑成功的堂兄，但是年龄与郑芝龙相仿，年纪日长，兄弟郑联死在了厦门，他也不想与郑成功斗来斗去，有了退出之意，但他却没有好的退路。
当初成立婆罗洲开发公司，郑藩受到其他监国系其他藩镇的排挤，仅仅占了百分之五的股份，前往婆罗洲显然不行，以往的老对手会反攻倒算，若是解散军队，去台湾做一富家翁，郑彩心有不甘，而这正是遂郑成功的心愿，他更是不许，而李明勋与之相商，给出了一个方案。
郑彩退出东南战场，脱离大明，不再对郑成功提任何补偿要求，但郑成功要把琉球全部领地交由郑彩，从此东南只有一个郑藩，那就是郑成功。
乍一看这是要了延平藩的根基之地，实际不然，琉球虽然富庶，却要受到整个日本的威胁，虽然在中荷密约之中，荷兰不得帮助日本出兵琉球，但荷兰人一直在想日本提供造船和火炮技术，日本也在积蓄力量‘收复’琉球，显而易见，再过几年，延平藩就要面临日本和东南两大战场，凭其实力，根本招架不住，只得放弃一个，琉球自然是被抛弃的那个，而这并非合众国愿意看到的。
琉球的变迁当初是配合合众国占领虾夷地，合众国当然也想再占琉球，显然与日本进行贸易，自然开战不得，但也不能眼看着其再占琉球，因此最好还是借助其他力量占据琉球，而郑彩部就是最好的选择。
因为涉及合众国的利益，李明勋没有再强硬，派出使者秘密调停谈判，最终三方达成一致。
首先，郑藩与延平藩合并，奉延平王郑成功为藩主，而郑成功则命郑彩永镇琉球，而这一点是公开的，在秘密环节，郑彩不得再派兵前往大陆，并且完全放开琉球与舟山之间的贸易，也不得触碰延平藩在琉球的固有利益。
当然，郑彩入主琉球之后，军政事务直接向李明勋的统帅部汇报，实际上，就是郑彩替合众国占领琉球，以便将来合众国拥有琉球，而李明勋则答应，允许郑彩另外一子改名之后在合众国经商，而且郑彩获得成为元老的机会。
实际上，郑彩已经退出了明清战争，秘密加入了合众国国籍，为合众国，也为他自己而战。
如此，东南之变所有的事情才全部解决，当然，这是在朱明朝廷内部，合众国与延平藩的问题才刚刚开始，在郑成功公然拒绝了加入抗清御虏统一阵线之后，元老院颁布了《与延平藩关系法案》，在这个法案之中，合众国宣布了对延平藩的封锁和禁运，而这一点的目的有三。
其一为报复郑成功在东南的胡作非为，挑起内战。
其二限制延平藩的实力扩张，以免尾大不掉。
其三对日本有个交代，毕竟中日目前是友好关系，而延平藩与日本处于战争状态，如果合众国与延平藩交好，那就会影响中日关系，一面是帮助似友非友的延平藩，一面是壮大自身，李明勋很容易做出选择。
按照颁布的《关系法案》，统帅部首先取消东南战区和江南战区，监国不存在了，东南战区自然也就没了，合众国有权利对江南、浙江和福建三省发动战争，而延平藩也有权利对山东、天津和辽东作战，双方不再划分势力范围，也不承认势力范围。
东南战区没了，配合东南作战的合众国江南战区也要撤销，合众国与延平藩只是战略盟友而不是真正盟军，双方最大的配合也就是共同对满清宣战，并且在对方开战的时候趁机发动攻势，像两广会战一样，组织盟军统一指挥就是妄想。郑成功对李明勋都不忿，更不可能接受其他人的指挥了。
江南战区撤销的第一步就是放弃崇明要塞，崇明要塞的最大意义是堵住长江口，不让清军水师出来，显然清军通过大运河机动，可以进出杭州湾，意义已经不大了，而且其原本是作为舟山防线的最前线，那个时候，为盟友监国而战，义不容辞，现在为延平藩而战，那就是热脸贴冷屁股，一厢情愿。
江南舰队也要进行改编，两支桨帆战队降低为一支，另外一支调拨北洋战区，风帆舰队加强两艘重巡洋舰，增强远海作战能力，泗礁山上的行政、司法等人员全部撤回台湾，泗礁山只留下赵三刀继续担任舰队司令兼守备长官。
江南战区的原本主要长官进行了调整，许长兴作为长老，回到台北担任重要职务，赵三刀继续留在泗礁山，总责一切，顾三在舟山之战中与清军辽东水师作战，受伤较重，而且年纪渐长，有些力不从心，退役前往台湾，担任台湾行政区海上警备队总长官，至于崇明要塞守备司令塔克图，李明勋给这位困守崇明达到十年之久的好汉子一年的假期，假期完成后，前往青岛，担任青岛要塞守备长官，解放出武行，组建陆军新的作战师。
当然，合众国并没有完全不讲情面，在放弃崇明之前，向延平藩提出由其接防，但郑成功选择了放弃，他也缺少兵力，除了缺兵，郑成功更没有信心在长江水道战胜满清水师。
未免崇明要塞为满清所用，乌穆率领陆战队发动了一场对崇明的登陆作战，将崇明守军与崇明三万多百姓一同撤离，并且拆毁了崇明要塞，郑成功也知道崇明拆除后，日后进出长江就很方面，也给予了配合，在杭州湾方向发动了袭击，牵制了满清的水师。
而除了江南战区撤销，另外就是严格限制国内商人与满清的走私贸易，以往东南各藩都做与满清的走私贸易，从合众国商人手中购买粮食、香料、木材、宝石等南洋货物，贩卖到大陆，购买生丝、丝绸、瓷器等中国商品，在这个过程中，满清官将、东南藩镇和中国商人都得利，而合众国却抽不到一点税，相反还要承担满清军力提升的损失。
延平藩主郑成功对以往东南藩镇这类举措是深恶痛绝，认为不仅损害抗清大业，还消磨军队的作战意志，但其主政东南之后，为了获得财力，也是大规模进行走私，直接打了自己的脸，现在一切结束了，元老院直接限制合众国船只前往包括舟山在内的东南岛屿，宣布不得主动前往延平藩势力范围进行贸易，经过东南海域前往青岛、济州、永宁方向的船只，货物必须记录在案，一旦到港之后，出现较大差距，则被视为走私，而在舟山方向，中国船只唯一能停靠的就是泗礁山港。
当然，延平藩可以主动派船前往台北采购物资，但粮食、铁、火药、棉布等一切军用民用物资，都必须要严格限量，数量根据舟山百姓数量而定，以免其购买之后，走私给满清。
但此举限制了中国海商，却限制不了国外海商，特别是荷、英、葡、西四个殖民国家，因为合众国有到港统计货物的制度，且对所有走私船只进行查处，所以这四个国家往往派遣商船直接从自己的港口或者中立国港口采购物资前往舟山贸易，只是因为船只有限，所以效率低下，成本提高，数量也大为降低。
但无论怎么说，比以往监国时代好的多，那个时代，东南藩镇是什么都敢往大陆走私，甚至包括火器弹药，而郑彩前往琉球之前，还揭发在中荷战争结束后，荷兰东印度公司还通过舟山向满清走私火炮，提供铸炮匠人和雇佣兵。到了延平藩时代，类似直接提升满清军队实力的走私休止了。
东南事了，抗清战争翻开了新的篇章，西南秦藩，两广二李，东南延平藩，三雄并立！