实际上，战争已经结束了，其后军事行动就是劝降或者攻占占领区内的西班牙据点，吕宋岛上的据点不少，最大的自然是马尼拉的圣地亚哥城堡，但马尼拉湾周边不仅只有这么一个据点，还有巴丹半岛上的阿布凯城、甲米地造船厂的安东尼奥城堡、八打雁和黎牙实比。
当然，大部分的西班牙城堡防守人数都很少，除了圣地亚哥城堡，最强的阿布凯城也只有六百守军，其中西班牙人只有不到百人，其余城堡也都包括几十个西班牙士兵在内的二百到四百的守军。
宿务港外，皮龙登上了青龙号旗舰，他的手贪婪的抚『摸』着栏杆上那些华丽的雕塑，仔细看着这艘无敌的巨无霸，艳羡的模样与刘姥姥进大观园极为相似，皮龙不住的赞叹，或许他心里也畅想着日后自己也能拥有这样一艘战舰。
“阁下，请接收皮龙由衷的赞美，您取得了一场伟大的胜利！”皮龙虽然不知道马尼拉湾发生了什么，但是能把三艘巡航舰赶进宿务港，皮龙就知道社团肯定胜利了。
“是的，除了这三艘巡航舰和和乐港的一艘大帆船，西班牙人已经没有什么像样的船只了。”李明勋微笑接受皮龙的恭贺，他指了指远处航行而来的快速舰队，说道：“这个消息你很快就在李北极那里得到验证。”
李北极带来的消息让李明勋颇为兴奋，他原本以为西蒙斯舰队会全军覆没，但是没想到只损失了两艘主力舰，西蒙斯不仅毫发无损，还抓到了拉斐尔。
皮龙听后大为兴奋，挥舞着手臂说道：“太好了，既然马尼拉舰队主力尽没，参与的主力舰又被你堵在港口，那岂不是说整个菲律宾都督区都变成了脱光衣服的女人，任由我们收拾了，哈哈！”
李明勋的回应却让皮龙失望：“不，皮龙，我们不会联合起来去打劫菲律宾都督区的村镇城市，相反你舰队之中的两艘隶属社团海军的军舰也要抽调回来。”
“为什么？”皮龙不敢相信，他感觉这是千载难逢的时机。
李明勋道：“我们陆地上的行动需要帮手，陆军实力不够，我需要武装水手上岸，所以很抱歉。”
皮龙失望的离开了，他决定去寻找自己最亲密的盟友加利德，一起合作打劫，只是加利德没有像样的船只，行动也只能限制在苏禄海一带。
“阁下，您似乎想和他撇清关系？”李北极说道。
李明勋微微点头：“确实如此，我们已经取胜，接下来就是完成对整个吕宋岛的占领，然后进行谈判，我们的兵力不足，目前只能做到这一步了。”
事实正如李明勋所说，西班牙人在菲律宾经营了整整八十年，四代人的努力在菲律宾建立了相对稳固的统治，在整个菲律宾地区，西班牙人拥有七十到八十万人的天主教信徒，即便其中多数是农奴或者亲顺部落，但已经形成了一股巨大的势力，特别是在吕宋岛这一西班牙人统治核心，至少有四十万天主教徒，还有更多未开化的部落，想要完成对吕宋岛的占领和对岛上所有百姓的统治，绝非容易的事情。
如果按照计划，社团只在吕宋留有少数的兵力，尽可能少的投入资源，那么最优先的办法就是和西班牙人达成和平协议，让其默认社团对吕宋岛的统治，否则，仅仅是那些天主教神父整日撺掇天主教徒造反就得让社团在吕宋留下上万兵力，那吕宋岛就要成为包袱，而不是新的生存空间、利润点。
李明勋拍拍李北极的肩膀，说道：“我把逆戟鲸、座头鲸两艘主力舰加强到你的快速舰队，再给你四艘护卫舰，你的任务是封锁宿务港，一艘船也不能出入，另外，没有我的命令，不许进攻！”
“是，阁下，我明白了。”李北极当即说道，他笑了笑，指了指远处灯火通明的宿务港，说道：“就算西班牙人把金子摆在沙滩上，我也不会让士兵上岸去取的，我的任务是封锁！”
李明勋欣慰的点点头，这正是他欣赏李北极的地方，年轻而不失冲劲，但在关键问题上又能年少老成。
李明勋让青龙号和领航鲸号押送两艘战利船前往马尼拉，自己则乘坐速度更快的护卫舰返航，到了马尼拉的时候，海陆两军已经控制了局面，陆军包围了圣地亚哥城堡控制了下城区，而海军陆战营围住了阿布凯城、武装水手则把圣安东尼奥堡围的水泄不通，还控制了甲米地及周围所有的土着村落，防止重要的造船工人逃离。
高锋走到李明勋身边，行礼之后把他带到了马尼拉下城区的一个小教堂，远征军指挥部和吕宋行政长官区的官署都暂时设立在这里，教堂距离圣地亚哥城堡有一公里左右，中间有椰林掩映，倒也是很安全。
“战果我们已经清点出来了，一共抓到了一千二百多个白人和梅斯蒂索人（混血），大部分人西班牙富人和官僚提前逃离了马尼拉，去了宿务或者其他什么地方，巴海率领骑兵队和三百步卒去了八打雁，我们对敌人所有的城堡完成了包围，但是没有一个城堡投降。”高锋说着，几个士兵抬进来两个箱子，打开之后里面全部是各类文件，上面多数有总督或者教会的印章，高锋说道：“陆军进驻下城区的时候，一个华人送给我的，说这是您的朋友给您留下的。”
李明勋随意打开看了一眼，他的西班牙文并不好，能听懂但看不太懂，林谦却是因为被任命为吕宋行政长官而下了苦功夫，看过之后说道：“这是委托书或者契约书，是各地的种植园和重要城镇的产业，有这些东西，我们接手吕宋岛上西班牙人的产业就事半功倍了，至少我们知道每个村镇有什么，种植园的面积，有多少农奴，这真是一份厚礼啊。”
李明勋笑了笑，他知道这是图拉命人留下的，他拍拍林谦的手臂，说道：“好了，我的林长官，就依据这些东西，先接手马尼拉周边的村镇吧，我会派遣士兵配合你的。”
高锋眉头微皱：“阁下，我们的兵力并不充足！”
李明勋笑了笑，问：“你认为打下圣地亚哥城堡需要多久，三个月还是五个月？”
高锋为难起来：“圣地亚哥城堡里至少还有八千人，其中一千五百人的士兵，许多平民也有武装，火炮很多，而且去年的时候，马尼拉地震震垮了城堡，刚刚进行了维修，很坚固，即便我的两个步兵营全部进攻，短期内也难以拿下。”
李明勋笑了笑，说：“我是不会再增兵的，既然打不下就不要打了，你给我留下两个步兵大队和一个炮队，我另行组织武装水手、组建邦板牙营，加上我的护卫队，足够围困圣地亚哥城堡了，里率领其他部队，再去西班牙人的仓库调取一些重炮，先把阿布凯城和圣安东尼奥堡打下来，注意，圣安东尼奥堡中有许多重要的造船匠人和船舶工程师、设计师，尽可能的劝降。”
“那我呢？”西蒙斯有些惭愧的问道，毕竟在他的指挥下，海军受创严重，如果当时西蒙斯选择更稳重的策略，或许不会有什么损失。
李明勋笑了笑，说道：“你的任务是黎牙实比和整个巴科半岛，那里也是富裕的地方，海军和陆战队随你调配吧。”
西蒙斯领命而去，高锋随机也去准备攻城的事情了，林谦问道：“您不是在圣地亚哥城堡之中有身份高贵的线人吗，能否劝降呢？您知道，圣地亚哥城堡又被叫做马尼拉王城，不能占据它，很多本地的土着，特别是那些天主教土着会有二心的。”
“我的那个线人也是三心二意的人，至于劝降，我们的很多条件是里面的西班牙人所不能答应的。”李明勋略带为难的说道。
林谦选择了沉默，与西班牙人的战斗，最摆脱不过去的就是元老们与西班牙人的血仇，崇祯十二年的那场血腥大屠杀是元老们难以越过的坎儿，其实社团对西班牙俘虏还算仁慈，可以通过缴纳赎金的方式赎身，但对于所有可能参与大屠杀的西班牙人都会被判刑，当然，没有人在被俘之后愿意承认自己屠杀过华人，但社团对大屠杀时所有在马尼拉的西班牙人都会进行宣判，所有的军官、官僚大多会判处死刑，即便是普通士兵，也会进行长达十年以上的劳动改造，与奴隶无异。
这次进攻吕宋，这个原则依旧会被践行，想来，圣地亚哥城中有很多洗脱不了嫌疑的人，他们绝对不会选择投降，更何况，在宗教、个人财产等问题上，社团的原则也很苛刻。
让圣地亚哥城堡投降的办法只有一个，那就是里面的人绝望，绝望的人要求特别低，只需要保住『性』命即可，什么宗教、财产、刑罚，都是可以接受的，而让其绝望的方式很多，比如长时间的围困，或者是都督区的抛弃。
李明勋更倾向于第二种绝望，其实他和城中的西班牙人都很清楚，四月份，新的菲律宾总督会赶到，那是谈判的重要契机，那些西班牙人很清楚，新的总督带不来救援他们的兵力，但是却有资格与李明勋谈判，或许圣地亚哥城堡支撑不到王国的援军到来，但是足够支撑到谈判的结束。
在李明勋和林谦接管马尼拉地区之后，炮声响彻了马尼拉湾，不仅是阿布凯城和甲米地，圣地亚哥城堡也一样，陆军缴获了大量的西班牙的重炮，从二十四磅到十八磅的都有，而且有大量的火『药』和炮弹，这些弹『药』火器与社团兵工厂提供的并不一样，不好混杂使用，索『性』用于对城市的炮击。
圣地亚哥城堡每天都在炮击中渡过，但是社团从未发动过真正的进攻，除了构筑炮垒运送弹『药』之外，陆军最重要的就是通过挖掘之字形壕沟到城堡附近，用臼炮轰击维修城堡的西班牙人。
隆武二年二月中旬，在得到了全部的赦免之后，圣安东尼奥堡投降，甲米地再无战事，造船厂可以为社团军舰提供修理服务，五日后，黎牙实比投降，二月的最后一天，八打雁投降，只有阿布凯城爆发了惨烈的围城战，高锋用十二门二十四磅重炮轰塌了阿布凯城的城墙，攻入其中，城中大部分人被杀死，成为了社团在吕宋岛最惨烈的一战，这一战持续到了三月的中旬。
而在二月初吕宋岛大部分的种植园和庄园都接受了行政长官区的派遣官员，西班牙奴隶主已经逃走，种植园中的奴隶和庄园其他财产被社团派遣的官员接收，而对西班牙人聚集的村镇，则是直接进攻，唯一例外的是偏远地区的巴朗圭，社团仅仅派遣使者要求他们交出西班牙人委任的封君，便没有其他动作，既没有承认各个巴朗圭的相对独立的自治地位，也没有要求他们效忠或者提供赋税，毕竟在社团的规划中，这些巴朗圭都是种植园奴隶的主要来源地。
吕宋行政区在海陆两军的配合下，用两个月的时间控制了吕宋岛上所有的重要城市、城堡和村镇，抓捕、驱逐了所有的西班牙人，而对摩洛人（土着天主教徒）和野蛮土着部落则采取放任自流的政策，等战争彻底结束再进行处置。
而只有两种人得到了善待甚至重用，首先是马尼拉本地的华人，大屠杀过去了七年，马尼拉又有许多华人定居，只是人数增长太慢，毕竟出洋谋生的华人拥有台湾这个最好的谋生地，马尼拉只有不到两千人的华人，他们迅速充斥了行政长官区的重要的行政岗位，而另外一种人则是华人混血，比如荣耀堡附近的乙峨罗地族人，他们就是曾经攻击马尼拉的大海盗，林凤率领的华人后裔，林凤失败后，部分人逃往海外，而很多人逃进山林，与本地土着结合，形成了乙峨罗地族人，这些华人混血土着迅速成为本地募兵的优先选择。
这为后来的吕宋社会阶层的划分奠定了基础，华族、华族混血、土着、宗教土着便是未来吕宋由上而下的四大阶层，分别承担的不同的税收和权力标准。这也给社团以及后来的联邦对外拓殖构筑了一个范本，在殖民时代一直被推行，并且影响深远。
隆武元年三月中旬，一艘马尼拉大帆船停泊在了三宝颜，船上下来一位身着华丽戎装的青年男人，他只有三十多岁，得体的衣服配合华丽的假发让他看起来颇为高贵，但脸上挂着的笑容有些玩世不恭。
“嗯，与美洲一样，依旧是殖民地的气息，血腥、硝烟、腐臭和奴隶身上的臭味，看来我们的菲律宾都督区正在沉沦，那好吧，在我的手中，这里只有生丝的柔光和金币碰撞的脆响！”男人微笑着对身边的人说道。
“您肯定能如愿，尊贵的法哈多总督，我们诚挚的希望，您能带领菲律宾都督区走向新生！”一群人躬身行礼，恭谨的说道。